Public Affairs Section 
11  April  2008

Laporan Tahunan Tentang Praktek Hak Asasi Manusia – 2007

English Version

Untuk Teks Selengkapnya, silahkan download:
- Laporan HAM  2007 - Indonesia ( MS Word version 240 KB)
- Laporan HAM  2007 - Indonesia.PDF (PDF version 247 KB)

INDONESIA
Laporan Negara tentang Penyelenggaraan Hak Asasi Manusia
Dikeluarkan oleh Biro Demokrasi, Hak Asasi Manusia, dan Pekerja
11 April 2008

Indonesia adalah negara demokrasi multipartai dengan jumlah penduduk kurang lebih 245 juta jiwa. Susilo Bambang Yudhoyono menjadi presiden pertama negara itu yang dipilih secara langsung melalui pemilu tahun 2004 yang bebas dan adil. Pemerintah sipil secara umum memiliki kontrol efektif atas angkatan bersenjata, walaupun fakta bahwa kemandirian secara parsial Tentara Nasional Indonesia (TNI) dalam hal finansial, telah memperlemah kontrol ini.  

Pemerintah secara umum menghormati hak asasi manusia warga negaranya; namun demikian lembaga-lembaga hukum yang lemah, sumber daya yang terbatas, dan kurangnya kemauan politik telah menghalangi akuntabilitas dalam masalah pelanggaran berat atas hak asasi manusia di masa lampau. Masalah-masalah hak asasi manusia yang terjadi sepanjang tahun ini: pembunuhan-pembunuhan yang dilakukan oleh aparat keamanan; kekerasan oleh massa; kondisi penjara yang keras; impunitas para pejabat penjara; penahanan yang sewenang-wenang; sistem peradilan yang korup; pembatasan kebebasan berbicara dan berkumpul secara damai; campur tangan atas kebebasan beragama dengan keterlibatan pejabat lokal; intimidasi terhadap kelompok-kelompok hak asasi manusia yang dilakukan oleh petugas keamanan; kekerasan dan penganiayaan seksual terhadap perempuan dan anak-anak, perdagangan manusia; kerja paksa; serta ketidakmampuan untuk menerapkan standar perburuhan dan pelanggaran hak-hak pekerja. 

Sepanjang tahun ini gerakan reformasi pemerintah telah membuat kemajuan dalam demokrasi dengan adanya perkembangan positif berkenaan dengan hak asasi manusia dalam bidang-bidang berikut ini: Pemerintah mengadili perkara pembunuhan aktivis hak asasi manusia (HAM) Munir Said Thalib yang terjadi pada tahun 2004, secara lebih transparan; presiden telah menandatangani undang-undang anti perdagangan manusia; dan polisi menunjukkan kemajuan dalam penegakan hak asasi manusia, terutama dalam menangani sejumlah demonstrasi besar tanpa menggunakan kekuatan yang bersifat mematikan. 

PENGHORMATAN ATAS HAK ASASI MANUSIA

Bagian 1 Penghormatan atas Integritas Pribadi, Termasuk Terbebas dari: 

a.   Penghilangan Nyawa yang Sewenang-wenang atau Melanggar Hukum 

Pemerintah atau para aparatnya tidak melakukan pembunuhan politik; namun demikian, terdapat laporan pembunuhan yang dilakukan oleh personil satuan keamanan. Undang-undang hukum pidana tidak secara khusus mengatur tindak pidana pembunuhan oleh aparat di luar hukum. 

Pada tanggal 20 Mei, Rusman Robert ditemukan meninggal di Kabupaten Solok, Sumatra Barat, dengan luka memar di sekujur wajah dan tubuhnya serta lengan yang patah. Para saksi menyatakan bahwa sebelum ia menghilang, ia terlibat pertengkaran dengan komandan militer Solok, Letnan Kolonel Untung Sunanto. Polisi militer menyelidiki kasus ini dan menahan tujuh anggota komando militer Solok, termasuk Untung. Pengadilan militer menghukum 6 orang di antaranya dengan hukuman berkisar dari 18 bulan hingga 5 tahun penjara dan pemecatan dari militer. Karena tingkat jabatannya, Letnan Kolonel Untung Sunanto akan diadili di pengadilan militer yang terpisah. Pada akhir tahun ia masih berada di tahanan menunggu persidangan. 

Pada tanggal 30 Mei, dalam suatu bentrokan yang terjadi antara penduduk dengan anggota marinir di desa Alastlogo, Pasuruan, Jawa Timur, anggota marinir menembak dan menewaskan sedikitnya empat orang serta melukai 8 orang lainnya. Insiden ini terjadi ketika para penduduk berunjuk rasa atas pembangunan fasilitas TNI-AL serta meminta TNI-AL menangguhkan pembangunan tersebut sampai penduduk menuai panen mereka. Segera setelah insiden ini, komandan fasilitas TNI-AL, Mayor Husni Sukarwo dibebastugaskan dari jabatannya. Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) Hak Asasi Manusia, KONTRAS menduga bahwa beberapa orang korban telah sengaja dijadikan target. Pada bulan Juli, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (KOMNAS HAM) menyimpulkan bahwa insiden Alastlogo bukan merupakan pelanggaran berat hak asasi manusia, dan karenanya akan disidangkan di pengadilan militer dan bukan di pengadilan HAM. Pada tanggal 19 Desember, 13 orang personil marinir yang ditahan sebagai tersangka dalam kasus ini dibebaskan dari tahanan. 

Pada tanggal 22 dan 23 September, bentrokan terjadi antara polisi dan personil TNI di Ternate, Maluku Utara, yang menyebabkan tewasnya dua orang anggota polisi, terlukanya dua orang polisi lain, dan terlukanya dua orang personil TNI. Kepala Polisi R.I. (Kapolri) menegaskan bahwa “Apabila ada anggota dari masing-masing instansi yang terbukti melanggar hukum, mereka akan ditangani secara internal oleh instansinya masing-masing.”

Dalam pembunuhan bulan Mei 2006 yang dilakukan oleh polisi terhadap dua orang pengunjuk rasa di Wamena, Papua, polisi setempat menyatakan bahwa para pejabat polisi “bertindak sesuai dengan prosedur kepolisian” dan apabila mereka tidak melepaskan tembakan kepada para pengunjuk rasa, mereka akan berada dalam bahaya besar.  

Persidangan yang dilakukan atas tiga orang polisi (Anthoni Taihitu, Albert Wattimena, dan Raders Ralahalu) serta satu orang sipil (Robert Latuheru) atas kasus pemukulan sampai mati pada bulan Agustus 2006 terhadap Deny Lewol berlanjut di Bentang, Kota Ambon, Maluku. Jaksa penuntut umum menuntut hukuman penjara selama lima tahun masing-masing untuk Wattimena dan Taihitu. 

Tidak ada kemajuan dalam kasus tahun 2006 berikut ini: Penembakan di Paniai, Papua, pada bulan Januari, yang menewaskan satu orang dan melukai 2 orang lainnya; Kematian seorang pengendara sepeda motor di Peudawa, Aceh Timur; dan dugaan pembunuhan pada bulan Juli di Keude Paya Bakong, Aceh Utara. 

Tidak adanya kemajuan berkenaan dengan nasib 44 penduduk sipil dan 37 anggota GAM (Gerakan Aceh Merdeka) yang berdasarkan laporan Koalisi LSM HAM di Aceh, telah dibunuh sebelum penandatanganan (MOU) Helsinki, yang telah mengakhiri konflik di Aceh pada bulan Agustus 2005. Pemerintah tidak mengumumkan kemajuan yang berarti serta tidak ada kemajuan yang dapat diharapkan dalam penyelidikan yang dilakukan atas kasus-kasus tahun 2005 berikut ini: insiden di Bireuen, Aceh, di mana enam anggota pasukan khusus TNI (Kopassus) dilaporkan telah membunuh dua orang dan melukai satu orang lainnya; insiden di Nabire, Papua, di mana personil TNI diduga memukuli penduduk Papua setempat, mengakibatkan tujuh orang mengalami cedera serius, dan satu orang meninggal dunia; insiden di Kota Mulia, ibu kota Kabupaten Puncak Jaya, di mana polisi menembak dan menewaskan Tolino Iban Giri serta menahan delapan orang lainnya; serta laporan tentang pembunuhan yang dilakukan terhadap tiga orang tersangka pemberontak oleh TNI dan Brimob setelah mereka ditangkap dalam sebuah operasi bersama di desa Serba Jaya di Wilayah Aceh Jaya.  

Sepanjang tahun ini, aparat penegak hukum membuka kembali penyidikan atas kasus pembunuhan aktivis HAM (Hak Asasi Manusia) Munir Said Thalib yang terjadi pada tahun 2004, dengan mengajukan bukti-bukti serta saksi-saksi baru. Berdasarkan bukti-bukti ini, Mahkamah Agung meninjau kembali pembebasan yang ditetapkannya pada tahun 2006 atas tersangka Pollycarpus Budihari Priyanto. Kesaksian dan sidang ini telah secara terbuka mengindikasikan dugaan keterlibatan pejabat tinggi Badan Intelijen Nasional (BIN). Pada tanggal 9 Oktober, berkaitan dengan pembunuhan tersebut, jaksa penuntut umum mengajukan tuntutan terhadap mantan direktur Maskapai Penerbangan Garuda dan mantan sekretarisnya.  

Tidak ada kemajuan yang dilaporkan berkenaan dengan pembunuhan yang dilakukan terhadap empat orang pengunjuk rasa di Jembatan Semanggi di Jakarta maupun pembunuhan empat orang mahasiswa Trisaksi dan 9 pengunjuk rasa di Jembatan Semanggi. 

Pada tahun 2005 pemerintah Indonesia dan pemerintah Timor-Leste membentuk Komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP) untuk membahas pelanggaran-pelanggaran HAM yang terjadi di Timor-Leste tahun 1999. Presiden Indonesia dan Presiden Timor-Leste telah memperpanjang Mandat KKP hingga Februari 2008. KKP menetapkan prioritas atas 14 kasus untuk dibahas. Sepanjang tahun ini KKP telah menyelenggarakan lima kali dengar pendapat terbuka dan dua kali dengar pendapat tertutup untuk mendengarkan kesaksian dari para saksi, korban, dan pelaku lainnya yang terlibat dalam insiden tahun 1999. 

Tidak dilaporkan adanya kemajuan dan juga tidak ada kemajuan yang diharapkan berkenaan dengan pembunuhan yang terjadi sebelum Kesepakatan Helsinki tahun 2005, yang dituduhkan kepada GAM. 

Pada tanggal 27 Juli, Mahkamah Agung menolak pengajuan kasasi terdakwa pembunuhan atas dua orang warga Negara asing serta seorang warga Negara Indonesia di dekat Timika, Papua pada tahun 2002. Pada tanggal 30 Agustus, Mahkamah Agung menolak pengajuan kasasi Amrozi, terdakwa Bom Bali tahun 2002. Pada tanggal 24 September, pengajuan kasasi Ali Ghufron dan Imam Samudra dua terdakwa pemboman lainnya juga ditolak. Pada bulan Februari Mahkamah Agung menolak pengajuan kasasi Abdullah Sunata (alias Arman) dalam kasus yang berkaitan dengan pemboman hotel Marriott pada tahun 2003. 

Pihak berwenang terus membuat kemajuan dalam penyelidikan atas kasus-kasus yang terjadi pada tahun 2004-2006 yang berkenaan dengan kekerasan sektarian di Sulawesi Tengah dan Maluku. Pada bulan Januari, 17 orang, termasuk dua petugas polisi, dibunuh dalam insiden penggerebekan yang terjadi di kecamatan Gebangrejo, Poso, Sulawesi Tengah. Polisi memburu empat orang yang terkait dengan terorisme dan tindak kriminal lainnya, termasuk mereka yang diduga terlibat sebagai anggota Laskar Mujahiddin. Pada tanggal 11 Januari, seorang petugas polisi dipukuli sampai mati ketika ia dihadang oleh para pelayat yang sedang menghadiri pemakaman salah seorang yang terbunuh dalam penggerebekan yang dilakukan polisi pada hari itu. 

Pada akhir tahun tersebut, pemerintah telah mengadili 13 tersangka pembunuhan atas dua orang pendeta pada tahun 2004 dan 2006, tersangka dalam pemenggalan kepala tiga siswi sekolah Kristen, dan pemboman pasar di Tentena dan Palu tahun 2005. Abdul Muis, terdakwa penembakan terhadap Pendeta Irianto Kongkoli di Palu, Sulawesi Tengah, pada tahun 2006 dan pemboman pasar di Palu pada bulan Desember 2005, diadili di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Pada bulan Desember, pengadilan tersebut menjatuhkan hukuman 18 tahun penjara kepada Muis. Empat terdakwa lainnya dihukum antara 10 hingga 19 tahun penjara untuk pemenggalan dan pembomam pada tahun 2005. Pada tanggal 13 Agustus, Basri dituntut atas empat pembunuhan dan kasus-kasus terorisme yang terjadi di Poso antara tahun 2004-2006. Pengadilan Negeri Jakarta Selatan mengadili Ardin (alias Rojak), Ridwan, dan Tugiran atas tindakan terorisme di Poso yang dilakukan dalam periode yang sama. Pada tanggal 11 Desember, pengadilan tersebut menghukum Basri 19 tahun penjara untuk kasus pemenggalan tiga siswa sekolah Kristen pada tahun 2005 dan pembunuhan terhadap pendeta Susanti Tinulele pada tahun 2004. Ardin, Ridwan, dan Tugiran masing-masing dihukum 14 tahun penjara. Pada tanggal 21 Maret, Pengadilan Negeri Jakarta Pusat menghukum Hasanuddin selama 20 tahun penjara karena mendalangi pemenggalan kepala tiga siswi sekolah Kristen pada tahun 2005 serta menghukum dua orang terdakwa lainnya dalam kasus tersebut selama 14 tahun penjara. 

Pada tanggal 26 Juli, 17 orang Kristen yang dituduh membunuh dua orang pria Muslim, Badaruddin dan Wandi, pada tahun 2006, dijatuhi hukuman oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan berkisar antara delapan hingga 14 tahun penjara. 

Provinsi Maluku mengalami penurunan ketegangan antar suku dan agama selama tahun ini, dan tidak ada kasus pembunuhan yang dilaporkan. Pemboman secara sporadis masih berlangsung. 

Pengadilan Negeri Ambon mengadili Sulthon Qolbi (alias Asadullah atau Arsyad) untuk tindak kekerasan pada tahun 2005, seperti penyerangan di Lokki, ledakan granat di desa Batu Merah, dan ledakan bom di Pasar Mardika. Sulthon mengakui sebagai pelaku tindak kriminal ini. Pada tanggal 4 Oktober, Sulthon dijatuhi hukuman penjara selama 15 tahun. 

Tidak ada kemajuan yang dilaporkan sehubungan dengan kasus-kasus tahun 2006 berikut ini: pembunuhan atas diri seorang pria berusia 50 tahun di Desa Tangkura kecamatan Pesisir Poso pada bulan September 2006 dan seorang lainnya yang terbunuh dalam ledakan di Kawua, Poso Selatan, serta pembunuhan seorang wanita Kristen di angkutan umum yang sedang melintas di wilayah mayoritas Muslim di Kota Poso pada bulan Oktober 2006.   

b.              Penghilangan Orang 

Pemerintah melaporkan adanya sedikit kemajuan dalam pertanggungjawaban yang berkaitan dengan orang hilang pada tahun-tahun sebelumnya atau dalam mengadili mereka yang bertanggung jawab atas penghilangan tersebut. Undang-undang hukum pidana tidak secara khusus mengatur tindak pidana penghilangan orang. 

Sepanjang tahun 2005 menurut Koalisi LSM HAM, 31 penduduk sipil dan satu anggota GAM diculik di Aceh sebelum ditanda-tanganinya Kesepakatan Helsinki. Aparat keamanan terlibat dalam beberapa penghilangan tersebut. 

Pada tahun 2005, anggota GAM diduga telah menculik empat orang, termasuk seorang anak berusia delapan tahun, dan meminta tebusan. Keberadaan mereka sejauh ini masih belum diketahui. 

Sampai pada akhir tahun pemerintah tidak mengambil tindakan berkenaan dengan temuan-temuan team ad hoc Komnas HAM September 2006 kepada Kejaksaan Agung mengenai penculikan sekitar 12-14 orang aktivis prodemokrasi pada tahun 1998. Walaupun personil militer menolak untuk bekerja sama dalam penyelidikan tersebut, Komnas HAM telah mengambil kesimpulan bahwa semua korban yang masih hilang sudah tewas dan telah mengindetifikasi para tersangka untuk sebuah penyidikan resmi tanpa mengumumkan nama mereka kepada publik. Sepanjang tahun 2006 Kejaksaan Agung tidak mengambil tindakan apapun dengan alasan bahwa mereka tidak dapat mengadili tindak kejahatan tersebut kecuali apabila DPR menyatakannya sebagai pelanggaran HAM berat. 

c.              Penyiksaan dan Perlakuan atau Hukuman lainnya yang kejam, tidak manusiawi, atau merendahkan martabat manusia 

Undang-undang Dasar menyatakan bahwa tiap orang berhak atas kebebasan dari penyiksaan dan perlakuan tidak manusiawi dan merendahkan martabat. Menurut hukum adalah suatu kejahatan bagi pejabat yang menggunakan kekerasan atau paksaan untuk memperoleh pengakuan; hal ini dapat dikenakan hukuman penjara sampai empat tahun, namun, undang-undang hukum pidana tidak secara khusus mengatur tindak pidana penyiksaan. Pada tahun-tahun sebelumnya, aparat penegak hukum selalu mengabaikan undang-undang tersebut dan mereka juga jarang diadili di bawah undang-undang ini. Pemerintah telah melakukan beberapa upaya untuk menghukum aparat keamanan yang melakukan tindakan penyiksaan. Sepanjang tahun ini,Pelapor Khusus PBB masalah Penyiksaan, Manfred Nowak, melaporkan bukti penyiksaan di tempat-tempat tahanan kepolisian di Jawa. Nowak melaporkan bahwa penyiksaan umum dilakukan di penjara-penjara tertentu dan digunakan untuk memperoleh pengakuan, menghukum tersangka, serta untuk mencari informasi yang membuat orang lain bersalah dalam kegiatan kriminal. Penyiksaan umumnya terjadi segera sesudah penahanan. Terdapat laporan bahwa para tahanan dipukuli dengan menggunakan kepalan tangan, tongkat kayu, kabel, batang besi, dan palu. Beberapa tahanan dilaporkan telah ditembak kakinya dalam jarak dekat, disetrum, dibakar, atau dipasangi alat berat pada kakinya.   

Pada tanggal 22 dan 23 Januari, dua orang pria homoseksual di Banda Raya, Aceh, dianiaya secara fisik maupun lisan oleh para tetangganya dan kemudian secara sewenang-wenang ditahan, dipukuli, serta dianiaya secara seksual oleh aparat polisi. Empat petugas polisi diskors dan dikenai sanksi administratif untuk penganiayaan yang mereka lakukan kepada kedua pria tersebut. Pada akhir tahun, kasus tersebut masih diselidiki, tetapi pihak berwenang menyatakan bahwa mereka tidak dapat mengajukan tuntutan karena salah seorang korban telah meninggalkan Aceh sedangkan yang lainnya menolak untuk ditanyai.  

Pada tanggal 1 Mei, polisi menahan seorang pemimpin buruh karena tindakannya memimpin unjuk rasa pada pagi harinya. Keesokan harinya, saat berada di tahanan polisi dan tidak jauh dari petugas polisi, seorang tahanan lain dilaporkan memukulinya. Kemudian, menurut ceritanya, ia dipaksa menandatangani sebuah pengakuan oleh petugas interogasi yang mengancamnya apabila ia tidak mau menandatangani pengakuan tersebut, tahanan (atau para tahanan) lain yang telah memukulinya, akan “membuatnya lumpuh”. 

Sepanjang tahun ini, 47 orang dicambuk di depan umum di Aceh untuk kasus-kasus pelanggaran Perda Syariah (seperti berjudi, mengkonsumsi alkohol, dan berduaan dengan orang berlainan jenis yang bukan saudara sedarah. Jumlah ini menunjukkan penurunan dibandingkan dengan tahun 2006 di mana sedikitnya 61 orang dicambuk untuk kasus-kasus pelanggaran tersebut.   

Pada akhir tahun, tidak diketahui perkembangan dalam kasus Rosidi dari Ra’ab, Jawa Timur, yang ditahan karena usaha judi ilegal dan dipukuli di penjara oleh polisi pada bulan Maret 2006. Polisi Probolinggo menahan tiga petugas yang dituduh melakukan pemukulan dan menurut laporan telah diberi sanksi administratif. Tidak ada informasi yang tersedia tentang sanksi-sanksi tersebut. 

Pada tanggal 3 April, para siswa memukuli sampai mati Cliff Muntu, seorang siswa di Sekolah Tinggi Pemerintahan Dalam Negeri, karena ia tidak memegang bendera akademi dengan benar. Polisi menahan empat tersangka dalam kasus pemukulan maut tersebut dan juga Lexie M. Giroth, dekan sekolah itu. Pada tanggal 9 September, Giroth dihukum satu tahun penjara karena berusaha menutupi tindak kriminal tersebut. Keempat orang siswa tersebut dikeluarkan, dan pada tanggal 23 November, dua orang di antaranya dihukum 3 tahun penjara. 

Pada bulan Maret 2006, lima kadet senior dalam sebuah insiden Ospek memukuli, menendang, dan menyetrum Hendra Saputra, seorang kadet di Akademi Kepolisian Semarang. Hendra menderita cedera otak parah. Pihak yang berwenang mengadili kelima kadet tersebut dengan tuduhan penyiksaan terhadap Saputra. Pada tanggal 26 April, Pengadilan Negeri Semarang menjatuhkan putusan tidak bersalah kepada kelimanya. Pada akhir tahun, permohonan banding jaksa penuntut umum kepada Mahkamah Agung masih ditangguhkan. 

Terdapat beberapa kejadian tentang polisi gagal menangani kekerasan yang dilakukan massa. Massa main hakim sendiri, tetapi tidak ada statistik yang dapat dipercaya berkenaan dengan tindakan-tindakan tersebut. Pencurian atau dugaan pencurian memicu terjadinya berbagai insiden seperti itu. 

     Kondisi Penjara dan Rumah Tahanan

Kondisi di 397 penjara dan rumah tahanan di negara ini sangat buruk. Kelebihan kapasitas terjadi di mana-mana. Tingkat hunian di Jawa seringkali dua atau tiga kali lipat batas kapasitas. Penjaga secara teratur memeras uang dari tahanan dan memperlakukan mereka secara semena-mena. Terdapat banyak laporan bahwa pemerintah tidak menyediakan cukup makanan bagi tahanan, dan anggota keluarga seringkali membawakan makanan untuk menambah jatah makanan kerabatnya tersebut. Anggota keluarga melaporkan bahwa petugas penjara seringkali meminta uang suap agar anggota keluarga diperbolehkan menjenguk tahanan. Tahanan yang tidak bisa dikendalikan disekap di sel pengasingan hingga enam hari dengan makanan hanya berupa nasi dan air. 

Menurut hukum, anak-anak yang melakukan tindakan kejahatan berat harus menjalani masa hukumannya di penjara anak. Namun, menurut pernyataan yang dikeluarkan pada bulan November oleh Pelapor Khusus PBB masalah Penyiksaan, anak-anak ditahan di rumah tahanan sebelum persidangan maupun di penjara bersama-sama dengan orang dewasa. Menurut teori, penjara menahan mereka yang telah dijatuhi hukuman oleh pengadilan, sementara rumah tahanan menahan mereka yang sedang menjalani proses peradilan; namun, pada prakteknya, tahanan yang belum disidang seringkali ditahan bersama-sama dengan tahanan yang sudah dihukum.
Tidak ada pembatasan resmi untuk kunjungan penjara yang dilakukan oleh pemantau hak asasi manusia, dan petugas penjara memberikan tingkat akses yang berbeda-beda, termasuk bagi Komite Internasional Palang Merah, dan PBB.

d. Penangkapan atau Penahanan Sewenang-wenang
Undang-undang memiliki ketentuan yang melindungi seseorang dari penangkapan dan penahanan sewenang-wenang, namun tidak memiliki mekanisme penegakan hukum yang memadai, dan beberapa pihak berwenang senantiasa melanggarnya.
Peran Polisi dan Aparat Keamanan 

Presiden menunjuk Kepala Kepolisian Republik Indonesia (Kapolri) dengan persetujuan DPR. Kapolri melapor kepada presiden tapi bukan merupakan anggota penuh kabinet. Kepolisian Republik Indonesia (Polri) memiliki kurang lebih 350.000 anggota yang ditempatkan di 33 provinsi. Polri menerapkan hirarki terpusat, dan kesatuan yang ditempatkan di daerah secara formal melapor kepada markas pusat, walaupun sepanjang tahun ini kerja sama dengan pemerintah daerah setempat meningkat. Militer bertanggung jawab untuk pertahanan eksternal namun juga memiliki kewajiban sampingan untuk membantu polisi dalam melaksanakan tanggung jawab keamanan di dalam negeri. Di Aceh, polisi Syariah, sebuah badan tingkat provinsi, bertanggung jawab untuk menegakkan hukum Syariah. 

Sepanjang tahun ini, LSM-LSM internasional seperti International Organization for Migration (IOM) terus mencatat kemajuan dalam profesionalisme polisi dan peningkatan penekanan etika dalam penegakan hukum. Dalam tahun-tahun terakhir ini laporan penyelidikan internal polisi menunjukkan berkurangnya insiden penyiksaan dan penyalahgunaan senjata api. Semua institusi pelatihan kepolisian memasukkan komponen HAM ke dalam kurikulum mereka. Terdapat peningkatan dalam penyelidikan pelanggaran HAM dan pemecatan polisi karena kasus-kasus kelakuan tidak terpuji. Secara keseluruhan, profesionalisme polisi meningkat, seperti juga efektifitas dalam melakukan penyelidikan atas kasus-kasus pelanggaran HAM. Namun demikian, impunitas dan korupsi masih menjadi masalah di beberapa daerah. Polisi sudah biasa meminta uang suap berkisar dari jumlah kecil dalam kasus-kasus pelanggaran lalu lintas hingga dalam jumlah yang besar dalam penyelidikan tindak kriminal. Mulai dari Januari sampai Oktober 2006, Divisi Profesi dan Pengamanan (Propam) dilaporkan telah menyelidiki 5.486 petugas polisi, termasuk pejabat tingkat tinggi, di seluruh pelosok negeri, yang berakibat pada 240 kasus pemecatan. Hukuman lain beragam dari penurunan pangkat hingga hukuman pidana. 

Menurut inspektur jenderal polisi, selama tahun ini sebanyak 16.929 petugas polisi “diproses secara hukum” karena kelakuan tidak terpuji, termasuk pelanggaran peraturan kepolisian, tindak kriminal, atau pelanggaran standar etika. Pada tanggal 30 November, sebuah pengadilan militer menjatuhkan putusan bersalah kepada personil TNI yang terlibat dalam pembalakan liar di Kalimantan Timur. Pengadilan tersebut memerintahkan sang komandan dipecat secara tidak hormat dan dijatuhi hukuman 16 bulan penjara, sedang 14 pelaku lainnya dijatuhi hukuman satu tahun penjara. 

Pada bulan Agustus, Propam Maluku menangkap seorang brigadir jenderal polisi berkaitan dengan tuduhan penyiksaan yang dilakukannya dengan melakukan penyetruman. Pada akhir tahun, penyelidikan masih berlanjut, dan jenderal tersebut berada di tahanan. 

     Penangkapan dan Penahanan 

Undang-undang memberikan para tahanan hak untuk segera memberitahu keluarga mereka serta menjelaskan bahwa surat penangkapan harus diberikan saat penangkapan. Pengecualian diperbolehkan jika, misalnya, seorang tersangka tertangkap ketika sedang melakukan tindak kejahatan. Undang-undang mengizinkan penyelidik mengeluarkan surat penangkapan, namun seringkali pihak berwenang melakukan penangkapan tanpa surat penangkapan. Seorang tersangka berhak mempertanyakan keabsahan penangkapan dan penahanannya dalam sidang praperadilan dan bisa menuntut kompensasi bila salah ditahan; namun tersangka jarang memenangkan sidang praperadilan dan hampir tidak pernah menerima kompensasi setelah dibebaskan tanpa dakwaan. Pengadilan militer dan sipil jarang menerima banding yang didasarkan pada klaim salah tangkap dan salah tahan. Undang-undang membatasi waktu penahanan sebelum sidang. Polisi dapat melakukan penahanan awal selama 20 hari, danbisa diperpanjang hingga 60 hari oleh jaksa sementara penyelidikan diselesaikan; jaksa dapat menahan tersangka selama 30 hari lagi selama persidangan, dan dapat meminta pengadilan untuk memperpanjang masa tahanan sampai 20 hari izin. Pengadilan negeri dan pengadilan tinggi dapat menahan seorang tersangka hingga 90 hari selama proses persidangan atau proses banding, sementara Mahkamah Agung dapat menahan seorang tersangka selama 110 hari sementara mempertimbangkan banding. Selain itu, pengadilan dapat memperpanjang waktu penahanan hingga tambahan 60 hari pada tiap tingkat bila tersangka menghadapi kemungkinan hukuman penjara sembilan tahun atau lebih atau bila seseorang dinyatakan terganggu mental atau fisiknya. Sepanjang tahun ini, umumnya pihak berwenang menghormati praktik pembatasan ini. Undang-undang antiterorisme memperbolehkan penyelidik menahan siapapun yang, berdasarkan bukti-bukti awal yang cukup, disangka kuat merencanakan atau melakukan tindakan terorisme apapun sampai empat bulan sebelum diserahkan ke pengadilan. 

Dalam kunjungannya bulan November, Pelapor Khusus PBB masalah Penyiksaan menemukan bahwa dalam banyak kejadian, pihak berwenang tidak melepaskan terdakwa dengan uang jaminan, seringkali menghalangi akses terdakwa untuk mendapatkan pembelaan hukum selama penyidikan, serta membatasi atau menghalangi akses untuk mendapatkan bantuan hukum dari organisasi bantuan hukum pro-bono. Pejabat pengadilan kadang kala menerima uang suap untuk melepaskan terdakwa sebagai ganti uang jaminan. 

e. Penolakan atas Persidangan Terbuka yang Adil
Undang-undang menjamin kemandirian peradilan. Pada praktiknya, peradilan masih dipengaruhi oleh kepentingan luar, termasuk kepentingan bisnis, politisi, dan militer. Upah yang rendah terus mendorong terjadinya penerimaan uang suap, dan para hakim tunduk pada tekanan dari pejabat pemerintah, yang tampaknya mempengaruhi keputusan peradilan.
Di bawah Mahkamah Agung terdapat pengadilan umum, agama, militer, dan tata usaha. Mahkamah Agung biasanya hanya memperhatikan penerapan hukum dari pengadilan yang lebih rendah. Cara lain untuk mengajukan banding, yakni proses Peninjauan Kembali (PK), yang memungkinkan Mahkamah Agung untuk memeriksa kembali kasus-kasus yang sudah diputuskan (termasuk oleh Mahkamah Agung sendiri), asalkan terdapat bukti baru yang tidak ada pada proses pengadilan sebelumnya. Setara dengan Mahkamah Agung adalah Mahkamah Konstitusi, yang berwenang untuk meninjau aspek-aspek konstitusi dalam hukum, menyelesaikan perselisihan antar lembaga negara, membubarkan partai politik, menyelesaikan perselisihan tertentu dalam pemilu, dan memutuskan tuduhan pengkhianatan atau korupsi terhadap presiden atau wakil presiden. Mahkamah Konstitusi menunjukkan kemajuan penting dalam hal kemandiriannya serta terus membatalkan undang-undang yang dianggap tidak konstitusional. 

Pada bulan Agustus 2005 presiden melantik Komisi Yudisial dengan mandat untuk mengajukan calon hakim agung dan mengawasi serta menjamin integritas hakim. Dalam putusan bulan Agustus 2006, Mahkamah Konstitusi membatalkan fungsi pengawasan dari Komisi Yudisial dan menyimpulkan bahwa undang-undang yang mendasari terbentuknya komisi tersebut tidak dengan jelas menyatakan apa yang akan dipantau oleh badan tersebut. Para ahli hukum mengkritik keputusan pengadilan tersebut sebagai hal yang berlawanan dengan upaya memberantas korupsi, walaupun sebagian orang menegaskan bahwa keputusan tersebut didasarkan pada pemisahan cabang eksekutif dan yudisial. Wewenang Komisi Yudisial memburuk ketika pada tanggal 26 September, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menangkap seorang anggota Komisi Yudisial, Irawady Joenoes dengan tuduhan menerima uang suap dalam kasus pengadaan tanah. 

Korupsi yang menyebar luas dalam sistem hukum terus berlangsung. Kasus suap dan pemerasan mempengaruhi penuntutan, putusan dan penghukuman dalam kasus-kasus perdata dan pidana. Dalam tahun ini Komisi Ombudsman Nasional melaporkan telah menerima 218 pengaduan tentang korupsi peradilan yang melibatkan hakim, petugas pengadilan, dan pengacara. Tokoh kunci dalam sistem peradilan tidak hanya dituduh menerima suap tapi juga membiarkan instansi pemerintah yang dicurigai melakukan korupsi. Organisasi-organisasi bantuan hukum melaporkan bahwa kasus-kasus seringkali sangat lambat ditangani kecuali bila ada uang suap dibayar. Dengan penghilangan wewenang Komisi Yudisial, maka tanggung jawab pengawasan peradilan kini hanya terletak di tangan Mahkamah Agung.  

Rata-rata hakim menerima gaji sebesar 200 hingga 256 dolar (1,8 juta hingga 2,3 juta rupiah) per bulan, sementara seorang hakim dengan pengalaman selama tiga puluh tahun menerima gaji kurang lebih 660 dolar (5,94 juta rupiah) per bulan; hakim agung menerima 1.540 sampai 2.640 dolar (14 sampai 24 juta rupiah) per bulan.  

Prosedur Persidangan
Undang-undang menganut asas praduga tak bersalah sampai dibuktikan bersalah di pengadilan. Terdakwa memiliki hak untuk menanyai para saksi dan mengajukan saksi demi pembelaannya. Pengecualian berlaku untuk kasus-kasus di mana jarak atau biaya dianggap terlalu besar untuk mendatangkan saksi ke persidangan; dalam kasus demikian, keterangan tertulis di bawah sumpah dapat digunakan. Namun, pengadilan mengizinkan pengakuan yang diperoleh lewat paksaan dan terbatas pada bukti-bukti yang dapat meringankan tersangka. Para tersangka berhak menghindarkan pemberatan hukuman bagi dirinya sendiri dengan menolak memberi kesaksian. Undang-undang memberikan hak pada para tersangka untuk mengajukan banding. Di setiap pengadilan dari keseluruhannya yang berjumlah 755 yang ada di negara ini, sebuah majelis hakim menggelar persidangan dengan mengajukan pertanyaan, mendengarkan pengajuan bukti-bukti, memutuskan bersalah atau tidak, dan mempertimbangkan hukuman. Baik pembela hukum maupun jaksa penuntut dapat mengajukan banding atas putusan-putusan yang dibuat. 

Sesuai Undang-undang, tersangka memiliki hak untuk mendapatkan pembelaan kuasa hukum sejak waktu penangkapan dan pada tiap tahapan pemeriksaan, dan mengharuskan adanya penunjukkan kuasa hukum pada kasus yang melibatkan hukuman mati atau hukuman penjara 15 tahun atau lebih. Pada kasus-kasus yang melibatkan kemungkinan hukuman lima tahun atau lebih, Undang-undang mengharuskan disediakannya kuasa hukum bila tersangka tidak mampu atau meminta pembela. Secara teori, tersangka yang tidak mampu bisa mendapatkan bantuan lembaga hukum swasta, dan LSM asosiasi pengacara memberikan perwakilan hukum secara pro-bono bagi tersangka yang tidak mampu. Dalam beberapa kasus prosedur perlindungan, termasuk yang mencegah pengakuan dengan paksaan, tidak mampu menjamin persidangan yang adil. 

Disamping sejumlah kecil tentara yang disidang di pengadilan-pengadilan HAM, ratusan tentara berpangkat rendah dan terkadang menengah disidang di pengadilan-pengadilan militer, termasuk atas pelanggaran yang melibatkan warga sipil atau terjadi di luar waktu tugas. Bila seorang tentara diduga melakukan tindak kriminal, polisi militer menyelidiki dan menyerahkan hasil temuan mereka kepada oditur militer, yang memutuskan apakah akan menyusun perkara atau tidak. Walaupun secara administratif dikelola oleh TNI, oditur dan para hakim militer bertanggung jawab kepada Kejaksaan Agung dan Mahkamah Agung atas penerapan undang-undang. Mahkamah Agung melakukan pengawasan administratif atas pengadilan-pengadilan sipil, militer dan agama. Majelis yang beranggotakan tiga orang hakim militer menyelenggarakan sidang, sementara pengadilan tinggi militer dan pengadilan militer utama menangani banding. Sebagian warga sipil mengkritik singkatnya masa tahanan yang dijatuhkan oleh pengadilan militer. Aparat hukum TNI menyatakan bahwa semua anggota yang dihukum tiga bulan atau lebih, tanpa mempedulikan catatan atau lamanya masa tugas mereka, dipecat dari tugas militer. Banyak LSM HAM mengeluhkan bahwa proses peradilan militer tidak transparan dan bahwa mereka tidak dapat mengkonfirmasi personil militer yang terlibat kasus pelanggaran HAM menjalani hukuman yang dijatuhkan. Sumber-sumber LSM menyatakan bahwa prosedur persidangan militer sampai ke Mahkamah Agung tidak terbuka untuk umum.
Empat pengadilan negeri yang terletak di Surabaya, Makasar, Jakarta, dan Medan, berhak mengadili pelanggaran-pelanggaran berat atas hak asasi manusia. Pada akhir tahun, baru Pengadilan negeri Makasar dan Jakarta yang mengadili kasus-kasus tersebut. Undang-undang menetapkan tiap pengadilan untuk memiliki lima orang anggota, termasuk tiga orang hakim hak asasi manusia non karir, yang diangkat untuk masa jabatan lima tahun. Putusan dapat dimintakan banding ke pengadilan tinggi dan Mahkamah Agung. Undang-undang menggunakan definisi yang diakui dunia internasional untuk istilah genosida, kejahatan terhadap kemanusiaan, dan tanggung jawab komando, namuntidak memasukkan kejahatan perang sebagai pelanggaran berat atas hak asasi manusia. 

Pada bulan Maret 2006, Mahkamah Agung menjatuhkan hukuman 10 tahun penjara kepada komandan militer Eurico Guterres atas tuduhan terkait dengan kekerasan yang terjadi tahun 1999 di tiga lokasi di Timor-Leste: Liquica, Dili dan Suai. Dari 18 terdakwa pada awalnya, hanya Guterres yang dijatuhi hukuman penjara. Guterres mengajukan Peninjauan Kembali (PK) dan sidang dilakukan pada bulan Oktober 2006. Di akhir tahun tidak ada keputusan yang dibuat. Enam dari 18 terdakwa dinyatakan bersalah di tingkat pengadilan negeri. Pada tahun 2004 Pengadilan Tinggi Jakarta membatalkan empat hukuman. Setelah itu pada tahun 2004 Mahkamah Agung membatalkan hukuman kelima.

Tahun 2005, PBB mengirim Komisi Ahli ke Indonesia untuk melakukan evaluasi terhadap pengadilan ad hoc Indonesia dan lembaga Serious Crimes Unit (SCU) Timor-Leste. Komisi tersebut merekomendasikan agar Indonesia menyidang ulang ke 290 pelaku kekerasan yang masih bebas dalam waktu enam bulan atau kasus-kasus tersebut disidangkan di pengadilan internasional, termasuk kemungkinan penyelidikan Pengadilan Kriminal Internasional luar biasa (yang akan memperluas yurisdiksi pengadilan ke tindak kejahatan yang dilakukan sebelum pembentukannya). 

Tahun 2005 Indonesia dan Timor-Leste membentuk Komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP) untuk membahas pelanggaran-pelanggaran hak asasi manusia yang terjadi di Timor-Leste tahun 1999. Mandat dari KKP telah diperpanjang hingga Februari 2008. 

Di bawah sistem pengadilan Syariah di Aceh, ada 19 pengadilan agama tingkat kabupaten dan satu pengadilan banding yang menangani berbagai macam kasus. Pengadilan-pengadilan tersebut hanya menyidangkan kasus yang melibatkan warga Muslim dan menggunakan aturan hukum yang dirumuskan oleh pemerintah daerah Aceh bukan hukum pidana. Beberapa pihak mengkritik bahwa peraturan Syariah secara prosedural ambigu. Sebagai contoh, hak tersangka mendapatkan bantuan hukum tidak jelas dan diterapkan secara tidak konsisten. Walaupun kasus-kasus pelanggaran hukum Syariah seharusnya disidangkan tertutup, sebuah kasus tingkat tinggi dilaporkan disidangkan di pengadilan terbuka, sehingga tersangka dapat dilihat dan diancam secara lisan oleh pengunjung sidang. 

     Narapidana dan Tahanan Politik 

Human Rights Watch (HRW) melaporkan bahwa pada tanggal 21 Februari, sedikitnya 18 orang aktivis kemerdekaan Papua ditahan karena mengibarkan bendera mereka. Mereka dituduh menyulut kebencian dan pemberontakan. 

Pada tanggal 18 Oktober, pihak berwenang menangkap aktivis HAM Papua, Iwanggin Sabar Olif, dengan tuduhan menyulut kebencian dan fitnah karena ia meneruskan sebuah pesan sms. Pada tanggal 13 Desember, Olif dikenai dakwaan menyulut kebencian. Sebagian pengamat percaya bahwa ia ditangkap karena kegiatan HAM yang dilakukannya. Ia mendapatkan akses bantuan hukum secara teratur.   

Prosedur dan Pemulihan dalam Peradilan Perdata  

Korupsi tersebar luas di semua tingkatan sistem peradilan perdata. Suap, pemerasan, dan pertimbangan politik tampak mempengaruhi putusan sejumlah besar kasus-kasus perdata.

Sistem peradilan perdata dapat digunakan untuk menuntut pembayaran ganti rugi bagi korban pelanggaran hak asasi manusia. Namun, korupsi dan pengaruh politik telah membatasi akses para korban untuk memperoleh pemulihan tersebut.

Pada bulan Desember 2006, Mahkamah Konstitusi memutuskan bahwa Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR) yang dibentuk pada tahun 2004 oleh DPR melanggar Undang-undang Dasar (lihat bagian 4). Ketua Konstitusi menyatakan bahwa lambannya pemerintah mengangkat anggota-anggota KKR menjadi salah satu faktor dalam keputusan tersebut. 

f.   Campur tangan sewenang-wenang terhadap Urusan Pribadi, Keluarga, Rumah, dan Surat Menyurat

Undang-undang mengharuskan adanya surat perintah pengadilan untuk penggeledahan kecuali pada kasus-kasus yang melibatkan subversi, kejahatan ekonomi, dan korupsi. Undang-undang juga memperbolehkan penggeledahan tanpa surat dalam keadaan “mendesak dan memaksa”. Petugas keamanan terkadang memaksa masuk ke rumah-rumah dan kantor-kantor. Penguasa terkadang melakukan pengintaian atas orang-orang dan kediaman mereka serta memantau panggilan telepon tanpa surat izin. Pejabat-pejabat yang korup terkadang mengincar buruh migran yang kembali dari luar negeri, terutama perempuan, untuk melakukan penggeledahan badan secara sewenang-wenang, pencurian serta pemerasan. 

Tidak seperti tahun 2006, tidak ada laporan bahwa polisi khusus yang bertugas menegakkan hukum Syariah melakukan penggeledahan tanpa surat. 

Pada bulan Desember 2006, DPR mengesahkan undang-undang yang menguatkan persyaratan yang selama ini berlaku bahwa Kartu Tanda Penduduk Nasional (KTP), yang harus dibawa oleh setiap warga negara, menyebutkan agama pemiliknya. LSM menuduh bahwa ketentuan dalam KTP ini merusak tradisi kemajemukan negara dan membahayakan pemilik yang bepergian melalui wilayah-wilayah rawan konflik antar agama.
Di beberapa daerah, terutama Kalimantan dan Papua, penduduk setempat percaya bahwa program transmigrasi yang disponsori pemerintah, yang memindahkan keluarga dari daerah berpenduduk padat ke daerah berpenduduk lebih jarang, mengganggu cara-cara hidup tradisional, penggunaan lahan serta peluang ekonomi mereka. Walaupun jumlah peserta baru transmigrasi sangat berkurang dibandingkan tahun-tahun sebelumnya, pemerintah terus mendukung kurang lebih 100.000 kepala keluarga yang telah dipindahkan selama beberapa tahun ini dari daerah berpenduduk padat ke 403 daerah terisolasi dan tertinggal di 26 provinsi. 

Pemerintah menggunakan kekuasaannya, dan terkadang intimidasi, untuk mengambil alih tanah untuk proyek pembangunan, seringkali tanpa ganti rugi yang adil. Dalam kasus-kasus lain, perusahaan-perusahaan milik negara dituduh merusak sumber daya yang menjadi gantungan hidup warga negara. Pada tahun 2005, Presiden Yudhoyono menandatangani keputusan tentang pengambilalihan tanah untuk kepentingan umum, yang memungkinkan pemerintah memperoleh tanah untuk proyek-proyek pembangunan swasta, bahkan apabila pemilik tanah tidak setuju dengan jumlah ganti rugi yang diterimanya. Sejumlah LSM menyatakan bahwa keputusan tersebut dibuat untuk kepentingan pengembang-pengembang kaya dengan mengorbankan kaum miskin. 

Sepanjang tahun, sengketa tanah terus menimbulkan tuduhan penggusuran yang tidak adil serta penggunaan kekerasan oleh petugas keamanan. Terjadi peningkatan dalam kasus penggusuran hunian liar dan pedagang kaki lima sepanjang tahun ini. LSM Aliansi Rakyat Miskin melaporkan bahwa lebih dari 2.000 orang diusir dari tempat tinggal atau tempat usaha informal mereka antara bulan September sampai akhir tahun. LSM Lembaga Bantuan Hukum Jakarta memperkirakan aparat keamanan telah menggusur 5.935 orang di kolong jalan tol di Jakarta Utara selama tahun ini, dibandingkan dengan 6.000 orang di seluruh Jakarta pada tahun 2006. 

Pada bulan Maret, Pengadilan Negeri Bangil memenangkan pihak TNI-AL dalam kasus sengketa tanah dengan penduduk di Alastlogo, Pasuruan, Jawa Timur. Namun pada akhir tahun, sengketa masih terus berlangsung di mana para penduduk masih menuntut TNI-AL mengembalikan tanah mereka, serta menolak tawaran tanah dari angkatan laut seluas 1.000 hektar untuk 6.000 kepala keluarga.

Bagian 2 Penghormatan atas Kebebasan Sipil, Termasuk:

a. Kebebasan Berbicara dan Kebebasan Pers

Undang-undang Dasar dan hukum memberikan kebebasan berbicara dan kebebasan pers; namun pemerintah terkadang membatasi hak-hak ini pada pelaksanaannya. Suatu sistem media yang kuat dan mandiri beroperasi di negara ini dan pada umumnya menyatakan beragam pandangan tanpa pembatasan. Sepanjang tahun ini, Mahkamah Konstitusi terus membatalkan pasal-pasal hukum pidana yang menghalangi kebebasan berbicara. Namun politikus dan pengusaha besar mengajukan pengaduan pidana atau perdata terhadap wartawan yang artikelnya dinilai bersifat menghina atau menyinggung. Sejumlah wartawan menghadapi ancaman kekerasan. Pada tahun ini, polisi menyadap percakapan telepon seluler wartawan Tempo guna mendapatkan pesan sms yang berkaitan dengan sebuah skandal korupsi tingkat tinggi. 

Terjadi kelanjutan debat tentang usulan revisi kitab undang-undang hukum pidana. Di antara ketentuan yang paling kontroversial adalah yang melindungi pejabat negara dan ideologi negara (Pancasila) dari pencemaran nama baik. Revisi tersebut masih diperdebatkan di akhir tahun. 

Sepanjang tahun ini pihak berwenang telah menangkap sedikitnya 39 orang karena mengibarkan bendera separatis di Maluku dan Papua, dibandingkan dengan tiga orang pada tahun 2006. Di masa lalu, individu yang mengibarkan bendera separatis dengan tujuan untuk mendukung pemisahan diri, terutama di daerah-daerah konflik seperti di Aceh, Papua, dan Maluku, ditangkap berdasarkan pasal 106, 107, dan 108 undang-undang hukum pidana, yang mengatur tentang pengkhianatan. Walaupun Undang-undang Otonomi Khusus Papua mengizinkan pengibaran bendera yang melambangkan identitas kebudayaan Papua, pihak berwenang tetap melarang pengibaran Bendera Bintang Kejora Papua di depan publik. 

Pada tanggal 22 Juni, Unit Investigasi Brimob Maluku menyita sedikitnya 60 bendera separatis Republik Maluku Selatan (RMS) dan dokumen RMS dari sebuah rumah milik seorang pria yang diidentifikasikan sebagai “DM”. Lima orang yang ditangkap dalam penyerbuan ini mengakui bahwa mereka mempersiapkan bendera-bendera tersebut untuk dikibarkan pada saat kunjungan Presiden Yudhoyono ke Ambon pada tanggal 29 Juni. 

Pada tanggal 29 Juni, walaupun terdapat pengamanan yang ketat, 28 penari mengibarkan bendera RMS di depan panggung di mana Presiden duduk. Unit Anti Terorisme Kepolisian, Detasemen 88, menangkap para penari tersebut, dan kepala polisi Maluku dipecat dari jabatannya. Pada akhir tahun, kepolisian Ambon telah menetapkan 35 orang sebagai tersangka dalam insiden tersebut. Pada tanggal 8 November, Pengadilan Negeri Ambon mulai menyidangkan empat orang dari para tersangka. 

Pada tanggal 1 Juli, Yusak Pagake, yang mulai menjalani masa tahanannya selama 10 tahun di penjara karena menaikkan Bendera Bintang Kejora pada tahun 2006, mengibarkan bendera di atas penjaranya selama lima menit untuk memperingati hari jadi Gerakan Papua Merdeka. 

Pada tanggal 4 Juli, polisi menghentikan unjuk rasa yang dilakukan oleh 50 orang demonstran dari Front Perjuangan Rakyat Papua Barat di Yogyakarta setelah mereka mengibarkan Bendera Bintang Kejora. Tak seorangpun ditahan. 

Jhon Sahureka dan Dominggus Saranamual, yang ditangkap pada bulan April 2006 karena keterlibatan mereka menaikkan bendera RMS di daerah Kudamati, Maluku, dibebaskan pada bulan Mei 2006. Popy Egenderph, yang menjadi target penyelidikan polisi sejak tahun 2004 karena diduga terlibat insiden-insiden pengibaran bendera di masa lampau, tetap ditahan. 

Pemerintah terus membatasi wartawan-wartawan asing, LSM-LSM, dan para anggota parlemen bepergian ke provinsi Papua dan Papua Barat, dengan mengharuskan mereka mengajukan permohonan untuk bepergian melalui Departemen Luar Negeri atau Kedubes Indonesia. Pemerintah menyetujui sebagian permohonan dan menolak yang lainnya. Sejumlah wartawan pergi ke Papua tanpa izin. Tidak ada laporan tentang pembatasan bagi wartawan yang bepergian ke daerah-daerah yang sebelumnya merupakan wilayah konflik di Aceh, Maluku, Maluku Utara, dan Sulawesi.
Para wartawan menghadapi kekerasan dan intimidasi di mana-mana. Dari bulan Januari sampai Desember, Aliansi Jurnalis Independen (AJI) mencatat 75 penyerangan terhadap para wartawan, termasuk penyerangan fisik serta ancaman lisan dan tuntutan hukum. Dalam kurun waktu 12 bulan yang berakhir bulan Agustus, dua orang wartawan dipenjara, delapan orang menghadapi tuntutan hukum, 10 orang diancam, dan 23 orang diserang. Pejabat pemerintah melakukan 10 tindak kekerasan terhadap wartawan, massa dan preman melakukan 7 tindak kekerasan, dan penjaga keamanan swasta melakukan 6 tindak kekerasan.  

Pada tanggal 19 Juli, Pengadilan Negeri Probolinggo menetapkan dua dari tiga orang tersangka, Nipah dan Suit, tak bersalah dalam perkara pembunuhan seorang wartawan lepas Herliyanto pada bulan April 2006. Tersangka ketiga, Slamet, dilaporkan melarikan diri dari rumah sakit jiwa. 

Pada tanggal 5 April, Pengadilan Negeri Jakarta Selatan membebaskan pemimpin redaksi majalah Playboy, Erwin Arnada, yang sebelumnya didakwa mendistribusikan gambar-gambar tidak senonoh kepada publik dan mengambil keuntungan darinya. Edisi pertama majalah Playboy Indonesia yang diterbitkan pada bulan April 2006 menyulut protes walaupun tidak mengandung unsur ketelanjangan. Kepolisian menuntut empat orang model dan pemimpin redaksi majalah tersebut berdasarkan tuntutan hukum yang diajukan Front Pembela Islam (FPI) dan kelompok Masyarakat Anti Pembajakan dan Pornografi. Pada bulan April 2006, sekitar 300 aktivis FPI yang menuntut agar penerbitan majalah itu dihentikan, menyerang bangunan yang menjadi kantor majalah tersebut hingga mengakibatkan kerusakan dan melukai dua orang petugas kepolisian. Polisi menangkap tiga anggota FPI. Redaksi memindahkan operasi majalah itu dari Jakarta ke Bali. 

Pada tanggal 30 Agustus, Mahkamah Agung memenangkan tuntutan Presiden Suharto terhadap Time dalam perkara pencemaran nama baik, dan memerintahkan majalah tersebut membayar 106 juta dolar (satu triliun Rupiah) sebagai ganti rugi dan mengeluarkan permohonan maaf tercetak. Artikel sampul depan majalah Time edisi bulan Mei 1999 “Suharto Inc.” menuduh Suharto dan keluarganya menggelapkan kurang lebih 15 miliar dolar (137 triliun Rupiah) dana negara. Suharto pertama kali mendaftarkan tuntutan terhadap Time pada tahun 1999, dan Pengadilan Negeri Jakarta menolak kasus tersebut pada bulan Juni 2000. Pengadilan Tinggi Jakarta menolak permohonan banding Suharto pada bulan Maret 2001. Time meminta peninjauan kembali atas keputusan tersebut.  

Pada tahun ini pemerintah tidak mengambil tindakan hukum atas pihak manapun yang bertanggung jawab atas kejahatan yang dilakukan terhadap para wartawan sepanjang tahun 2005 dan 2006. 

Pada tahun 2002 pemerintah memberlakukan undang-undang penyiaran yang mendasari pembentukan Komisi Penyiaran Indonesia (KPI) dan menunjuk negara sebagai satu-satunya pihak yang berwenang menerbitkan izin penyiaran. Pada tahun 2005 pemerintah mengeluarkan empat petunjuk pelaksanaan yang melarang siaran langsung program-program dari luar negeri yang ditayangkan secara reguler oleh stasiun domestik serta memberikan kewenangan perizinan penyiaran kepada Departemen Komunikasi dan Informasi. Walau beberapa stasiun masih terus menyiarkan laporan berita luar negeri secara langsung, yang lainnya menunda siaran-siaran tersebut - beberapa di antaranya ditunda selama 5 sampai 7 detik - untuk menaati undang-undang tadi. Pada bulan Mei 2006, baik KPI maupun koalisi LSM secara terpisah meminta Mahkamah Agung meninjau kembali petunjuk pelaksanaan tahun 2005 dengan alasan pelanggaran atas kebebasan media, kebebasan berekspresi, dan kebebasan menjalankan usaha. Pada bulan Mei, Mahkamah Agung menolak peninjauan kembali keempat petunjuk pelaksanaan tersebut. Penyiaran berita lokal tidak disensor atau ditunda penayangannya. 

Sepanjang tahun ini khalayak pers terus melakukan pelaporan yang agresif tentang kasus-kasus seperti korupsi (termasuk yang dilakukan oleh para pejabat pemerintah senior), kasus pembunuhan Munir, dan kerusakan lingkungan.  

Kebebasan Internet

Pada bulan November 2006, Departemen Komunikasi dan Informasi membentuk lembaga pengawas internet yang bertujuan mencegah tindak kejahatan dunia maya di antara pengguna lokal. Warung-warung internet diharuskan memberikan identitas dari para pengguna internet kepada lembaga tersebut setiap bulannya. Depkominfo menyangkal bahwa lembaga ini akan memantau kandungan situs. Tidak ada laporan tentang pembatasan pemerintah atas akses internet.

Kebebasan Akademis dan Acara-acara Kebudayaan 

Sepanjang tahun ini, Lembaga Sensor Film yang berada di bawah naungan pemerintah masih terus melakukan sensor atas film-film dalam negeri dan luar negeri yang isinya dianggap mengandung unsur pornografi dan menyinggung agama tetapi tidak ada film yang dilarang tayang oleh lembaga pusat. Pada bulan Februari, Dewan Perfilman Bali melarang sebuah film dokumenter tentang Bom Bali 2002 ditayangkan di Bali. 

Kejaksaan Agung memiliki wewenang untuk mengawasi materi-materi tertulis. Pada tanggal 5 Maret, Kejaksaan Agung melarang pencetakan dan pendistribusian 13 buku cetak sejarah SMP dan SMU karena tidak cukup menekankan peran Partai Komunis Indonesia (PKI) dalam pemberontakan tahun 1948 di Madiun, Jawa Timur,  dan upaya kudeta tahun 1965 di Jakarta. Kejaksaan Agung menyatakan bahwa Mahkamah Militer (Mahmilub) telah membuktikan bahwa PKI terlibat dalam insiden-insiden pada tahun 1965 dan oleh karenanya penghilangan fakta-fakta ini di dalam buku-buku tersebut tidak dapat diterima. Mengikuti tindakan Kejaksaan Agung, sejumlah kantor kejaksaan wilayah menyita ribuan buku dari sekolah-sekolah, dan dalam beberapa kasus melakukan pembakaran buku di depan publik. Pada tanggal 7 Juli,  Walikota Depok Nurmahmudi Ismail memimpin pembakaran 2.500 buku sitaan, dan pada tanggal 30 Juli, 1.340 buku dibakar di luar Kantor Kejaksaan Negeri Bogor. 

Pada tanggal 14 Desember, Kantor Kejaksaan Negeri Jayapura menyita 60 buku karya tokoh akademis setempat Sendius Wonda, yang berjudul The Sinking of the Melanesian Race: Indonesia’s Political Struggle in West Papua (Tenggelamnya Suku Bangsa Melanesia: Perjuangan Politik Indonesia di Papua Barat). Tindakan ini berdasarkan pada surat edaran Kejaksaan Agung tanggal 27  November  yang melarang penerbitan materi yang dapat “menyesatkan publik” dan “mengganggu ketertiban umum.” 

Pada tanggal 25 Agustus, grup musik Nidji tampil di Banda Aceh, tetapi polisi mengharuskan mereka membatalkan dua penampilan lainnya setelah kelompok Muslim setempat menuduh mereka mempromosikan pergaulan bebas dan melanggar hukum Syariah karena tidak memisahkan penonton pria dari penonton wanita. 

Pada tanggal 10 Agustus, para pengunjuk rasa dari aliansi “antipornografi” mendesak penyandang gelar Miss Universe saat itu untuk mempersingkat kunjungannya di Bandung.

b. Kebebasan Berkumpul dan Berkelompok Secara Damai

Kebebasan Berkumpul  

Hukum memberikan kebebasan untuk berkumpul, dan pada umumnya pemerintah menghormati hak tersebut. Hukum pada umumnya tidak mengharuskan adanya izin untuk berkumpul dalam acara-acara sosial, kebudayaan, atau agama; namun demikian, suatu perkumpulan yang terdiri dari lima orang atau lebih, yang berkaitan dengan politik, perburuhan, atau kebijakan umum harus diketahui oleh polisi, dan demonstrasi membutuhkan izin. Secara umum izin ini diberikan secara berkala. Dalam sedikitnya satu kejadian, polisi menggunakan peraturan ini untuk membatasi demonstrasi separatis. Pada tanggal 1 Desember, polisi menangkap 37 orang Papua di Timika yang sedang merayakan kemerdekaan Papua yang diproklamirkan oleh mereka sendiri. Polisi mengatakan bahwa mereka tidak memiliki izin untuk mengadakan unjuk rasa tersebut dan bahwa sedikitnya enam orang dalam kelompok tersebut membawa senjata api. Ke-31 orang peserta yang tak membawa senjata tersebut dilepaskan saat itu juga. Enam orang yang dituduh membawa senjata api tetap ditahan, dan pada akhir tahun, status kasus mereka masih belum diketahui. 

Sepanjang tahun ini polisi tetap menunjukkan sikap menahan diri dalam menangani demonstrasi-demonstrasi yang mengandung kekerasan. Pada tanggal 6 Agustus, pengunjuk rasa di Jakarta Timur, yang melakukan unjuk rasa atas program penggantian bahan bakar pemerintah, melempari polisi dengan batu. Polisi menggunakan kekuatan yang tidak mematikan untuk menangani massa. Sedikitnya 40 orang terluka, termasuk lima orang petugas polisi. Pada tanggal 21 dan 22 Agustus, polisi di Maluku Utara menggunakan metode yang tidak mematikan, termasuk peluru karet, dalam menghadapi demonstrasi yang mengandung kekerasan yang dilakukan sebelum pemilihan gubernur. Sembilan orang pengunjuk rasa menderita luka-luka, dua di antaranya terluka parah. Pada kejadian lain polisi tidak mengambil tindakan untuk melindungi orang-orang yang diserang oleh massa. Pada tanggal 28 Maret, FPI dan massa menyerang para anggota Partai Persatuan Nasional (Papernas) yang sedang melakukan unjuk rasa di Jakarta. Batu-batu dilemparkan ke bis dan minibus yang membawa para pendukung Papernas, yang kebanyakan terdiri dari para wanita dan anak-anak. Media melaporkan sejumlah orang, termasuk anak-anak, terluka dalam insiden tersebut. FPI menuduh Papernas sebagai organisasi komunis. LSM Komisi HAM Asia melaporkan bahwa polisi ada di tempat kejadian tetapi tidak mengambil tindakan apapun untuk menghentikan tindak kekerasan tersebut.
Kebebasan Berkelompok 

Hukum memberikan kebebasan untuk membentuk kelompok, dan dalam pelaksanaannya umumnya pemerintah menghormati ketentuan tersebut. Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) mengeluarkan larangan terhadap PKI pada tahun 1966. Pada tahun-tahun sebelumnya, orang-orang yang dituduh terkait dengan PKI dihalangi menjadi pegawai negeri dan diberikan nomor tertentu pada KTPnya.   

c. Kebebasan Beragama 

Undang-undang Dasar memberikan “hak untuk beribadah menurut agama atau kepercayaan masing-masing bagi semua orang” dan menyatakan bahwa “negara didasarkan pada kepercayaan pada Ketuhanan Yang Maha Esa.” Secara umum pemerintah menghormati ketentuan yang pertama. Enam agama — Islam, Protestan, Katolik, Hindu, Buddha dan Konghucu — mendapat pengakuan resmi dalam bentuk perwakilan di Departemen Agama. Pada tanggal 24 Februari, Departemen Dalam Negeri menerbitkan peraturan yang mengharuskan pemerintah lokal dan provinsi memberikan layanan adminsitratif kepada penganut Konghucu, seperti menerbitkan surat nikah dan KTP yang menyatakan pemegangnya sebagai pemeluk agama Konghucu. Kelompok-kelompok agama lainnya dapat mendaftar pada pemerintah, namun hanya pada Departemen Dalam Negeri sebagai kelompok-kelompok kemasyarakatan. Kelompok-kelompok ini mengalami diskriminasi resmi dan sosial. Hukum tidak mengakui ateisme, dan dalam kenyataannya mengharuskan setiap orang mengakui diri sebagai penganut salah satu dari enam agama resmi yang diakui pemerintah. 

Sistem pencatatan sipil terus menerapkan diskriminasi terhadap anggota dari agama-agama minoritas. Pejabat catatan sipil menolak mencatat perkawinan atau kelahiran anak penganut kepercayaan Baha’i dan lainnya karena mereka bukan penganut salah satu dari keenam agama resmi yang diakui. Menurut perkumpulan Hindu Parisadha Hindu Dharma Indonesia, umat Hindu, terutama di Lampung Utara, Sulawesi Tenggara, Kalimantan dan beberapa daerah di Jawa Timur, walaupun agama mereka sudah diakui, masih harus melakukan perjalanan cukup jauh untuk mencatatkan perkawinan dan kelahiran karena pejabat setempat tidak bersedia melakukan pencatatan. 

Pada tanggal 28 Juli, pasangan yang menganut kepercayaan tradisional (Aliran Kepercayaan) mendapatkan hak untuk meresmikan perkawinannya di bawah hukum, yang memungkinkan pemimpin Aliran Kepercayaan untuk meresmikan upacara perkawinan dan menandatangani surat nikah, yang kemudian dicatatkan pada pemerintah. 

 Mereka yang agamanya bukan salah satu dari keenam agama resmi yang diakui mengalami kesulitan mendapatkan KTP, yang diperlukan untuk pencatatan perkawinan, kelahiran dan perceraian. Beberapa LSM dan kelompok pendampingan keagamaan mendesak pemerintah untuk menghilangkan kategori agama dalam KTP, namum DPR mengesahkan peraturan pada bulan Desember 2006 yang mempertahankan ketentuan tersebut. 

Pria dan wanita dari agama yang berbeda mengalami kesulitan untuk menikah dan mendaftarkan pernikahan mereka. Pemerintah menolak mencatat sebuah perkawinan kecuali upacara keagamaan perkawinan sudah dilaksanakan. Meski demikian hanya sedikit petugas keagamaan yang mau terlibat dalam perkawinan antara pria dan wanita dari keyakinan yang berbeda. Dengan alasan ini, beberapa mempelai wanita dan pria memilih pindah menganut agama pasangannya. Yang lainnya harus pergi ke luar negeri untuk menikah.  

Pada bulan April, Kepolisian Malang menangkap delapan orang yang dituduh menyebarkan video “pelatihan doa” yang dikeluarkan oleh Lembaga Pelayanan Mahasiswa di Batu, Jawa Timur. Video tersebut diduga menayangkan 30 orang Kristen dalam pertemuan pada bulan Desember 2006 diperintahkan meletakkan Qur’an di lantai. Sejak bulan April, 33 orang lagi telah ditahan dengan tuduhan penghujatan dalam kaitan dengan video tersebut. Para pemimpin gereja Kristen menyangkal orang Kristen terlibat dalam produksi atau penyebaran video tersebut. Pada tanggal 6 September, pengadilan menjatuhkan keputusan bersalah menghina agama kepada ke 41 orang terdakwa dan menghukum mereka masing-masing lima tahun penjara. 

Pada tanggal 11 Juni, tiga orang wanita yang dijatuhi hukuman tiga tahun penjara pada tahun 2005 karena berusaha mengajak anak-anak Muslim masuk agama Kristen dibebaskan secara bersyarat. 

Seperti pada tahun-tahun sebelumnya, sebagian partai politik menganjurkan melakukan amandemen Undang-undang Dasar untuk menerapkan Syariah Islam secara nasional, tapi kebanyakan anggota parlemen dan organisasi sosial Muslim terbesar di negara ini tetap menentang usulan tersebut. Tidak ada upaya dari DPR ataupun DPRD untuk mengamandemen Undang-undang Dasar dan memasukkan pasal hukum-hukum Syariah. Walau demikian, sejumlah pemerintah daerah telah mengeluarkan peraturan-peraturan daerah yang didasarkan pada Syariah. Beberapa kelompok hak asasi manusia menyatakan bahwa perda berdasarkan Syariah itu adalah melanggar hukum, karena undang-undang otonomi daerah Pemerintah Indonesia melarang perda yang berkaitan dengan agama. Pihak lainnya berpendapat hukum berdasarkan Syariah melanggar ketetapan Undang-undang Dasar yang melarang adanya hukum berdasarkan agama. Penguasa pusat tidak menentang penetapan peraturan-peraturan daerah tersebut. 

Seperti pada tahun-tahun sebelumnya, selama Ramadhan, bulan puasa umat Muslim, sejumlah pemda memerintahkan baik penutupan atau pembatasan waktu operasi bagi berbagai jenis tempat-tempat “hiburan”, terutama bar-bar dan klub-klub malam yang tidak berlokasi di hotel bintang lima. Pemerintah dan tokoh-tokoh organisasi Islam terbesar menyerukan pada kelompok-kelompok kecil untuk tidak main hakim sendiri dengan menutup tempat-tempat yang melanggar peraturan ini, dan kelompok-kelompok radikal ini mematuhinya. 

Penganiayaan dan Diskriminasi dalam Masyarakat

Sampai pertengahan Desember terjadi penurunan jumlah kasus penyerangan terhadap sekte Islam Ahmadiyah, yang dianggap menyimpang olehsebagian besar umat Islam, daripada yang terjadi pada tahun sebelumnya. Namun demikian, pada tanggal 18 Desember, massa menyerang kompleks perumahan Ahmadiyah di Kuningan, Jawa Barat, merusak 14 rumah dan 2 mushola. Tindak kekerasan ini kemudian menyebar ke lokasi-lokasi lainnya di Jawa Barat, termasuk Desa Manis Lor, Kabupaten Kuningan, dan Desa Sukajaya, Kabupaten Tasikmalaya. Di samping itu, Ahmadiyah terus menghadapi diskriminasi sosial, dan pemerintah tidak banyak melakukan sesuatu untuk menuntut pertanggungjawaban atau menghukum pelaku penyerangan yang terjadi sebelumnya. Dipicu oleh tindak kekerasan yang terjadi pada bulan Desember ini, wakil presiden memerintahkan agar polisi “bersikap tegas” pada warga muslim yang menyerang para anggota sekte Islam yang “menyimpang” ini. 

Pada tanggal 2 Februari, puluhan anggota Ahmadiyah datang ke kantor gubernur Nusa Tenggara Barat untuk menuntut pemulangan mereka ke desa mereka di Gegerungan, Ketapang, Lombok Barat, setelah tinggal selama lebih dari setahun di kamp pengungsian di Mataram.  Pada bulan Februari 2006, antara 500 hingga 1000 warga setempat menyerang kompleks perumahan Ahmadiyah dan memaksa 187 anggota Ahmadiyah yang tersebar di 25 rumah untuk mengungsi. Keadaan semakin memburuk sejak pemerintah Kabupaten Lombok Barat menghentikan pasokan makanan dan pelayanan kesehatan ke kamp tersebut pada bulan Januari. Di akhir tahun lebih dari 130 anggota Ahmadiyah masih tetap tinggal di kamp pengungsian di Mataram. 

Pada bulan April, cabang Majelis Ulama Indonesia (MUI) di Nusa Tenggara Barat meminta gubernur Nusa Tenggara Barat untuk mengeluarkan larangan bagi Ahmadiyah karena ajarannya yang menyimpang dari Islam. 

Pada akhir tahun, kompleks Ahmadiyah di Bogor, Jawa Barat, yang diserang dan dirusak pada tahun 2005 masih disegel, walaupun anggota Ahmadiyah masih dapat menggunakan fasilitas kantor. Dalam pernyataannya tentang tindak kekerasan bulan Desember ini, wakil presiden juga mengatakan bahwa “semua segel yang mengunci tempat-tempat beribadah Ahmadiyah harus dibuka.” 

Dalam tahun ini, sekte agama Islam lainnya, Al-Qiyadah, juga dituduh “menyimpang” dari ajaran Islam, dan MUI mendesak agar sekte ini dilarang. Polisi menahan sementara dua puluh empat pengikut sekte untuk melindungi mereka. Semua pengikut tersebut kemudian dibebaskan kembali setelah “dikembalikan” ke aliran Islam yang utama. Pada bulan November, Kejaksaan Agung secara resmi melarang sekte tersebut dan pemimpin sekte di depan publik mengumumkan kembalinya ia ke aliran Islam yang utama. 

Sepanjang tahun ini penyerangan terhadap gereja masih berlanjut, terutama di Jawa Barat dan Jawa Timur, walaupun tidak sesering di masa yang lalu. Beberapa gereja dipaksa untuk tutup karena tekanan warga; pada bulan November, sebuah gereja katolik di Wilayah Tambora, Jakarta Barat, menghentikan kegiatan misa akibat tekanan dari warga setempat. 

Di Sulawesi Tengah, Maluku, dan di Maluku Utara, kekerasan dan insiden main hakim sendiri sudah lebih jarang terjadi dibandingkan dengan tahun-tahun sebelumnya. Namun ketegangan di Sulawesi Tengah sedikit meningkat menyusul tindakan polisi menangkap 29 orang yang diduga melakukan tindak kejahatan dengan kekerasan. Menyusul penyerbuan polisi pada tanggal 11 Januari, sebuah bom meledak di pasar pusat Poso pada tanggal 12 Januari dan di tiga lokasi lainnya di Gebangrejo pada tanggal 20 Januari. 

Sebuah bom kembali meledak di sebuah gereja Eklesia yang sedang kosong di Poso pada tanggal 1 Juli. Pada tanggal 23 Juli, Pengadilan Negeri Jakarta Selatan mengadili Abdul Muis atas keterlibatannya dalam pembunuhan Pendeta Irianto Kongkoli pada bulan Oktober 2006 di Palu, Sulawesi Tengah. Tersangka lainnya, Dedi Parsan, tertembak mati dalam penyerbuan polisi pada tanggal 11 Januari. 

Penduduk asli beragama Yahudi jumlahnya kecil. Sabili, majalah Islam dengan tiras yang besar, terus menerbitkan artikel dengan pernyataan-pernyataan bersifat anti Semit. Laporan tentang adanya minat untuk melakukan investasi di Aceh oleh ahli keuangan terkenal, George Soros, telah memicu beberapa partai politik Islam di Jakarta untuk mengeluarkan pernyataan tentang “agenda tersembunyi” dan memperingatkan pemerintah atas kemungkinan bujukan Yahudi agar Indonesia bersikap lunak terhadap perjuangan Palestina. Seorang anggota parlemen dikutip mengatakan: “Katakan pada orang-orang Yahudi bahwa tidak ada tempat bagi investasi mereka di Indonesia.” 

Untuk pembahasan lebih rinci, lihat Laporan Kebebasan Beragama Internasional 2007. 

d.   Kebebasan Bepergian, Pengungsi Domestik, Perlindungan Pengungsi, dan Orang Tidak Berkewarganegaraan. 

Undang-undang Dasar mengizinkan pemerintah mencegah seseorang masuk atau meninggalkan negara. Undang-undang Penanganan Keadaan Berbahaya memberikan wewenang yang luas kepada pihak militer dalam keadaan bahaya, termasuk kewenangan untuk membatasi lalu lintas darat, udara dan laut; namun pemerintah tidak menggunakan kekuasaan tersebut. Para warga negara dapat dengan bebas bepergian di dalam negeri dan ke luar negeri, dengan beberapa pengecualian. 

Sepanjang tahun ini pemerintah terus membatasi kebebasan berpergian bagi orang asing ke Papua melalui sistem “surat jalan”. Tetapi pelaksanaannya tidak konsisten. Pada tanggal 3 Juli, seorang anggota parlemen asing ditolak izinnya untuk mengunjungi Papua pada saat ia berkunjung ke Indonesia. Pada bulan November, anggota parlemen tersebut diberikan surat izin untuk mengunjungi Papua. 

Pemerintah mencegah sedikitnya 788 orang meninggalkan negeri ini sepanjang tahun. Kantor Imigrasi melakukan pencekalan tersebut berdasarkan permintaan polisi, Kejaksaan Agung, KPK, dan Departemen Keuangan. Beberapa orang yang dicekal adalah para penggelap pajak, terdakwa atau terpidana, dan orang-orang yang terlibat dalam perkara hukum. 

Undang-undang Dasar melarang pengasingan secara paksa, dan pemerintah tidak menerapkan ketentuan ini. 

     Pengungsi di Dalam Negeri  

Internal Displacement Monitoring Center melaporkan bahwa terdapat 150.000-250.000 pengungsi di dalam negeri, di mana 30.000-150.000 di antaranya berada di Aceh, hampir semuanya sebagai akibat dari bencana tsunami pada 2004. Sebagian dari mereka tinggal di tempat-tempat penampungan, sementara lainnya tinggal menumpang pada orang lain atau bergabung dengan masyarakat setempat. Menurut Badan Rekonstruksi dan Rehabilitasi Aceh, terdapat 5.200 korban tsunami yang masih tinggal di barak-barak dan tempat penampungan sementara. Banjir lumpur di Porong, Jawa Timur, menyebabkan 2.500 orang harus mengungsi di tempat-tempat penampungan.  

Perlindungan bagi Para Pengungsi
Negara ini bukan merupakan peserta Konvensi PBB tahun 1951 tentang Status Pengungsi dan Protokol tahun 1967, undang-undang tidak mengatur pemberian suaka atau status pengungsi dan pemerintah belum membuat suatu sistem untuk memberikan perlindungan bagi pengungsi. Namun, dalam prakteknya, tidak ada laporan tentang pemulangan paksa orang ke negerinya di mana mereka terancam penganiayaan. Pemerintah bekerja sama dengan UN High Commissioner for Refugees (UNHCR), yang memiliki kantor di Jakarta, dalam menolong pengungsi dan pencari suaka. Di akhir tahun terdapat 245 pengungsi yang diakui oleh UNHCR dan 152 pencari suaka di negara ini. Beberapa adalah pemohon dan lainnya adalah keluarga mereka. Sebagian besar berasal dari Irak, Afghanistan, Somalia, atau Sri Lanka. 

Menurut Badan Koordinasi Bencana Nasional Nusa Tenggara Timur, angka di atas tidak termasuk 10.436 bekas pengungsi Timor Timur yang tinggal di Nusa Tenggara Timur di akhir tahun 2006.   

Bagian 3 Penghormatan atas Hak-hak Politik: Hak Warga Negara untuk Mengubah Pemerintah Mereka

Undang-undang memberikan hak pada warga negara untuk mengganti pemerintah dengan jalan damai, dan para warga negara pada kenyataannya menggunakan hak ini melalui pemilihan umum berkala, bebas dan adil yang diadakan berdasarkan hak pilih untuk semua. 

Undang-undang Dasar menetapkan pemilu nasional setiap lima tahun sekali. Para anggota DPR secara otomatis menjadi anggota Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR), yang merupakan badan hasil pemilihan yang sepenuhnya dipilih rakyat dan terdiri dari 550 anggota DPR dan 128 anggota Dewan Perwakilan Daerah (DPD).

Pemilihan Umum dan Partisipasi Politik 

Pada tahun 2004, Presiden Yudhoyono menjadi presiden terpilih pertama negara ini berdasarkan pemilu yang bebas dan adil. Pilkada yang dilakukan secara langsung, yang dimulai pada tahun 2005, umumnya berlangsung bebas dan adil. Sepanjang tahun ini pemerintah mengadakan 53pilkada: sembilan pemilihan gubernur, 11 pemilihan walikota, dan 33 pemilihan bupati. Para pengamat umumnya menilai pilkada ini bebas dan adil, dengan beberapa pengecualian, tanpa insiden yang mempengaruhi hasil akhirnya. 

Kebanyakan insiden yang berkaitan dengan tindak kekerasan dalam pemilu melibatkan para pendukung dari calon yang kalah, yang menyerang kantor KPUD. 

Pada tanggal 21 dan 22 Agustus, ribuan pendukung pemimpin tradisional Maluku Utara, Sultan Ternate Mudaffer Syah, memprotes keputusan kantor KPUD yang melarang sultan mengikuti pemilihan gubernur. Mereka memadati lingkungan kantor KPUD, memblokir jalan-jalan utama, dan bentrok dengan polisi yang berusaha menangani kerumunan massa. 

Pada tanggal 5 November, para pengunjuk rasa di sekitar kantor KPUD di Talakar, Sulawesi Selatan, memprotes hasil pemilihan wilayah. Para pengunjuk rasa melempari polisi dengan batu dan membakar ban mobil. Polisi menangkap 11 orang pengunjuk rasa. Pada tanggal 19 Desember, Mahkamah Agung menerima keberatan calon yang kalah dalam hasil pemilihan gubernur di Sulawesi Selatan tersebut dan memerintahkan pemilihan ulang diadakan sekali lagi di keempat kabupaten. 

Semua warga negara dewasa berhak untuk memilih kecuali anggota militer dan polisi yang masih aktif, terpidana yang menjalani masa hukuman lima tahun atau lebih, orang yang menderita gangguan jiwa, dan mereka yang dicabut hak pilihnya oleh pengadilan dan tak dapat diubah lagi. Remaja yang sudah menikah secara hukum dianggap sudah dewasa dan diizinkan untuk memilih.
Tidak ada pembatasan hukum tentang peran perempuan dalam bidang politik. Pada tahun ini perempuan menempati empat dari 36 kursi di kabinet. Undang-undang pemilu yang berlaku memuat seruan yang tak mengikat pada partai-partai untuk memilih perempuan paling tidak 30 persen dari seluruh jatah kandidat dalam daftar partai mereka. Sebuah ketentuan partai politik disahkan pada bulan Desember yang mengharuskan adanya 30 persen tempat bagi perempuan dalam pembentukan sebuah partai politik baru. Jumlah perempuan mencapai 11,3 persen dari anggota DPR yang terpilih, 25 orang dari 128 anggota DPD adalah perempuan, ada satu orang gubernur perempuan, dan enam bupati perempuan terpilih. Perempuan sangat kurang terwakili dalam pemerintahan daerah di beberapa provinsi; sebagai contoh, di Aceh posisi tertinggi yang dipegang oleh perempuan adalah dua wakil walikota dan wakil bupati. 

Dalam tahun ini, Mahkamah Konstitusi menetapkan bahwa kandidat independen dapat mencalonkan diri sebagai kepala daerah dan untuk itu pemilihan berdasarkan pengajuan partai politik tidak dibutuhkan. Pada akhir tahun penetapan ini belum dijalankan. 

Dengan pengecualian di Aceh di mana warga non Muslim secara efektif dihambat dari posisi politis melalui persyaratan yang mengharuskan semua kandidat menunjukkan kemampuan membaca Al Qur’an dalam bahasa Arab, tidak ada pembatasan hukum atas peran minoritas dalam bidang politik. Tidak ada statistik resmi tentang latar belakang etnis para anggota legislatif di DPR. Kabinet Presiden Yudhoyono terdiri dari beragam etnis Jawa, dan yang lainnya Sunda, Bugis, Batak, Aceh, Papua, Bali, Arab dan keturunan Cina. 

Korupsi dan Transparansi Pemerintah 

Terdapat anggapan luas di dalam negeri dan luar negeri bahwa korupsi adalah bagian hidup sehari-hari. Segera setelah menjabat, presiden membentuk Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) yang memiliki kewenangan yang besar untuk melakukan penyelidikan. Pada tanggal 23 Juli, mantan menteri kelautan dan perikanan Rokhmin Dahuri dijatuhi hukuman tujuh tahun penjara sehubungan dengan dana non-budgeter sejumlah 1,26 juta dolar (kurang lebih 12 miliar rupiah). Pada tanggal 13 September, anggota DPR dari Partai Golkar, Nurdin Halid, dijatuhi hukuman dua tahun karena menyalah-gunakan dana pemerintah. 

Pada bulan Desember 2006, Mahkamah Konstitusi menetapkan bahwa ketentuan hukum yang mendasari dibentuknya Pengadilan Anti Korupsi bertentangan dengan Undang-undang Dasar namun mengizinkan pengadilan tersebut tetap berfungsi selama tiga tahun lagi. 

AJI melaporkan media tidak mendapat masalah untuk memperoleh dokumen publik yang tidak bersifat rahasia dari pemerintah, walaupun tidak ada ketentuan hukum yang mengharuskan pemerintah memberikan akses informasi kepada para warganegara dan bukan warganegara. Dalam tahun ini, sebagai tanggapan dari dekrit presiden tentang transparansi yudisial, pengadilan membuat situs resmi yang memungkinkan publik mengakses keputusan-keputusan pengadilan. Pada kenyataannya, pengawas pengadilan masyarakat sipil menyatakan bahwa beberapa keputusan dan ketetapan pengadilan masih sulit diperoleh. 

Bagian 4 Sikap Pemerintah Mengenai Penyelidikan Internasional dan Non-Pemerintahan Terhadap Tuduhan Pelanggaran Hak Asasi Manusia

Pemerintah bertemu dengan LSM-LSM lokal, menanggapi pertanyaan mereka, dan mengambil beberapa tindakan sebagai tanggapan atas keprihatinan mereka. Utusan khusus PBB untuk Pembela HAM, Hina Jilani, mengunjungi Indonesia dari tanggal 5 sampai 12 Juni dan mendapatkan akses yang penuh dan tak dihalang-halangi untuk bertemu dengan pejuang HAM, termasuk di Papua dan Aceh. 

Dalam tahun ini, berdasarkan instruksi presiden, polisi memulai investigasi baru atas pembunuhan aktivis HAM Munir Said Thalib (lihat bagian 1.a) yang terjadi pada tahun 2004. 

Organisasi-organisasi hak asasi manusia dalam negeri beroperasi ke seluruh negeri dan dengan aktif mendukung mengembangkan kinerja pemerintah dalam masalah hak asasi manusia; namun seringkali mereka menghadapi masalah pemantauan, pelecehan, dan campur tangan oleh pemerintah; Komnas HAM melaporkan bahwa sejak tahun 2000 - 2004, 14 aktivis hak asasi manusia telah dibunuh, dan tidak ada pelaku yang diproses secara hukum. Tidak ada laporan tentang aktivis hak asasi manusia yang dibunuh setelah tahun 2004. 

LSM-LSM di Papua melaporkan tindakan pemantauan yang terjadi di mana-mana terhadap aktivitas mereka oleh pejabat intelijen yang disertai ancaman dan intimidasi. Para aktivis melaporkan bahwa pejabat-pejabat intelijen secara sembunyi-sembunyi mengambil foto mereka dan terkadang menanyai teman dan anggota keluarga mereka tentang keberadaan dan kegiatan mereka. Menyusul kunjungan Hina Jilani ke Jayapura, Papua, pada tanggal 8 Juni, Ketua Komnas HAM Papua, Albert Rumbekwan, melaporkan bahwa ia menerima banyak ancaman pembunuhan dan diikuti oleh orang tak dikenal. Ia melaporkan bahwa ia merasa takut untuk datang ke kantornya atau bahkan pulang ke rumahnya. Menurut para aktivis HAM Papua, sebuah mobil dengan nomor pelat izin badan intelijen militer telah dengan sengaja menabrak mobil para aktivis HAM Papua tersebut. Menurut laporan para aktivis, insiden tersebut disaksikan oleh polisi, yang mengizinkan pelaku meninggalkan tempat kejadian. 

Pemerintah umumnya menganggap investigasi dari luar atau kritik pihak luar negeri atas catatan hak asasi manusianya sebagai upaya campur tangan atas urusan dalam negerinya. Pihak keamanan dan lembaga intelijen cenderung mencurigai organisasi-organisasi hak asasi manusia dari luar negeri, terutama mereka yang beroperasi di wilayah konflik. Tindakan pemantauan oleh pemerintah terhadap pihak asing di wilayah konflik terlihat jelas. Beberapa organisasi hak asasi manusia dalam negeri menyatakan keprihatinan mereka tentang kemungkinan akibat negatif dari melakukan kontak dengan pihak asing. 

Sejumlah lembaga pemerintahan dan badan-badan terkait memberikan perhatian atas masalah-masalah hak asasi manusia, termasuk Departemen Hukum dan HAM, Departemen Luar Negeri, Kementerian Pemberdayaan Perempuan, Komisi Nasional untuk Kekerasan Terhadap Perempuan (Komnas Perempuan), serta Komnas HAM. Walau demikian upaya yang dilakukan oleh Komnas HAM beberapa tahun belakangan ini untuk mengungkap pelanggaran-pelanggaran hak asasi manusia dan meminta pertanggungjawaban pelakunya digagalkan oleh sejumlah keputusan pengadilan yang menyangkut masalah yurisdiksi dan kewenangannya. Pada tahun 2005 TNI menyatakan tidak bisa bekerja sama dalam upaya Komnas HAM untuk memanggil para jenderal pensiunan maupun jenderal yang masih aktif guna menjawab pertanyaan-pertanyaan tentang penculikan aktivis pro-demokrasi antara tahun 1997 dan 1998. Parlemen tidak menyetujui dibentuknya pengadilan ad hoc hak asasi manusia yang bisa melakukan investigasi atas pelanggaran-pelanggaran berat hak asasi manusia yang terjadi sebelum tahun 2000.  

Pada bulan Desember 2006, Mahkamah Konstitusi membatalkan ketetapan yang mengharuskan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR) menyelidiki tindak penganiayaan yang dilakukan pada era kepemimpinan Suharto. Para aktivis sayap kanan telah mempertanyakan ketetapan tertentu yang mengizinkan diberikannya amnesti bagi pelaku pelanggaran berat HAM serta membatasi kesempatan korban untuk mendapatkan ganti rugi. Namun Mahkamah menetapkan bahwa keseluruhan ketetapan harus dibatalkan. Mahkamah Konstitusi mendasarkan keputusan ini atas dua faktor: Ketidak layakan KKR memberikan amnesti dan tidak adanya kemajuan pada tingkat pusat untuk menyeleksi 21 orang anggota KKR. Pembatalan ketetapan tersebut membuat para korban pelanggaran HAM di masa yang lalu tidak memiliki mekanisme ganti rugi. 

Undang-undang Pemerintahan Aceh yang diumumkan secara resmi bulan Agustus 2006 menyatakan bahwa Pengadilan Hak Asasi Manusia akan dibentuk di Aceh dalam waktu satu tahun dan bahwa keputusan yang dikeluarkan pengadilan HAM tersebut akan memberikan ganti rugi, restitusi, dan rehabilitasi bagi para korban pelanggaran hak asasi manusia. Pada akhir tahun, pemerintah menyatakan bahwa mereka siap untuk menunjuk para pejabat pengadilan segera setelah pejabat berwenang mengajukan kasus yang akan disidangkan. 

Bagian 5 Diskriminasi, Penganiayaan Sosial, dan Perdagangan Manusia

Undang-undang Dasar tidak secara eksplisit melarang diskriminasi berdasarkan jenis kelamin, ras, cacat tubuh, bahasa, atau status sosial. Undang-undang Dasar memberikan kesetaraan hak bagi semua warga negara, baik pribumi maupun keturunan asing. Namun, pada prakteknya, pemerintah gagal membela hak-hak ini secara memadai.

Perempuan 

Undang-undang melarang penganiayaan dalam rumah tangga serta bentuk lainnya dari kekerasan terhadap perempuan. Namun, perkosaan dan kekerasan dalam rumah tangga tetap menjadi masalah. 

Statistik tingkat nasional yang dapat dipercaya tentang insiden perkosaan masih tetap tidak tersedia. Definisi hukum dari kasus perkosaan sangat sempit dan tidak memasukkan beberapa tindakan yang biasanya dianggap sebagai kasus perkosaan di negara lain, seperti perkosaan dalam perkawinan. Hukuman juga menjadi masalah. Walaupun kasus perkosaan dapat diganjar hukuman selama 4-12 tahun penjara, dan pemerintah memenjarakan para pelaku perkosaan dan percobaan perkosaan, kebanyakan terhukum pelaku pemerkosaan dijatuhi hukuman minimum atau kurang. 

Kekerasan terhadap perempuan masih tidak terdokumentasi dengan baik. Angka-angka kasus tingkat nasional tidak tersedia. Komisi Nasional untuk Kekerasan Terhadap Perempuan melaporkan bahwa pada tahun 2006 (angka statistik paling baru yang tersedia) terdapat 22.512 kasus kekerasan yang ditangani oleh LSM-LSM di seluruh negeri, dan pers daerah melaporkan bahwa kekerasan terhadap perempuan terus meningkat. Kebanyakan LSM yang menangani masalah perempuan dan anak percaya bahwa angka yang sebenarnya jauh lebih tinggi mengingat kecenderungan banyaknya korban yang tidak melapor. Sampai bulan Oktober LSM LBH Apik telah menangani 713 kasus kekerasan di Jakarta. Dua jenis pusat penanganan krisis tersedia bagi perempuan korban kekerasan: pusat penanganan krisis milik pemerintah di rumah-rumah sakit dan pusat penanganan krisis milik LSM di tengah masyarakat. 

Di tingkat nasional, polisi mengelola “ruang perawatan khusus” atau “divisi khusus perempuan” di mana petugas perempuan menerima laporan tindak kejahatan dari perempuan dan anak-anak korban penyerangan seksual dan perdagangan manusia serta di mana korban bisa memperoleh penampungan sementara. Pada tanggal 6 Juli, kepala polisi memerintahkan semua kantor polisi menyediakan fasilitas perawatan khusus di tempat.   

Pembedaan hukum antara seorang perempuan dan seorang anak perempuan tidak jelas. Hukum menetapkan usia minimum perkawinan adalah 16 tahun untuk seorang perempuan (dan 19 untuk laki-laki), tetapi Undang-undang Perlindungan Anak menyatakan bahwa orang di bawah usia 18 tahun adalah anak-anak. Seorang gadis yang sudah menikah memiliki status hukum orang dewasa. Para gadis seringkali menikah sebelum mencapai usia 16 tahun, terutama di daerah pedesaan. 

Mutilasi Alat Kelamin Perempuan (MAKP) dipraktekkan di beberapa bagian negara tersebut, termasuk Jawa Barat. Komplikasi yang terjadi dilaporkan hanya minimal. Beberapa aktivis LSM menolak klaim mutilasi, dengan dalih upacara yang dipraktekkan di negara itu terutama hanya bersifat simbolis. Menyusul pertemuan pada bulan Desember dengan Komite Penghapusan Diskriminasi Terhadap Perempuan, menteri pemberdayaan perempuan melarang MAKP oleh dokter dan perawat. Hal ini dilakukan setelah Departemen Kesehatan pada tahun 2006 melarang dokter dan perawat melakukan MAKP. Namun, penyunatan pada perempuan secara simbolis yang tidak mengakibatkan kerusakan fisik anak dapat dilakukan dan pelanggar larangan tersebut tidak akan dituntut. 

Pelacuran tidak secara khusus diatur dalam undang-undang. Namun, banyak pejabat menginterpretasikan menafsirkan “kejahatan terhadap kepatutan/moralitas” berlaku untuk pelacuran.

Pelacuran terjadi di mana-mana dan kebanyakan dibiarkan, walaupun bertentangan dengan norma-norma sosial dan keagamaan. Sepanjang tahun ini pihak keamanan dilaporkan ambil bagian dalam pengelolaan rumah-rumah bordil atau menarik uang keamanan untuk melindungi rumah-rumah bordil dari kejaran hukum. Wisata seks internasional terus terjadi, terutama di pulau-pulau Batam dan Karimun, dan di pusat-pusat perkotaan utama di seluruh negeri. 

Walaupun tidak disebutkan secara tegas, pelecehan seksual adalah melanggar hukum dan dapat ditindak atas dasar undang-undang pidana.  

Kebijakan negara dan undang-undang menyatakan bahwa perempuan memiliki hak, kewajiban, dan kesempatan yang sama dengan laki-laki. Namun, undang-undang juga menyatakan keikutsertaan perempuan dalam proses pembangunan tidak boleh bertentangan dengan peran mereka memajukan kesejahteraan keluarga dan pendidikan generasi muda. Undang-undang perkawinan menunjuk pria sebagai kepala rumah tangga. Perempuan di banyak daerah, terutama di Papua, mengeluhkan perlakuan berbeda atas dasar jenis kelamin. 

Walaupun para ahli hukum percaya bahwa pemerintah daerah tidak memiliki kewenangan untuk menerapkan peraturan untuk masalah-masalah keagamaan, pemerintah-pemerintah daerah terus menerapkan peraturan berdasarkan Syariah yang dianggap mendiskriminasi perempuan oleh banyak aktivis hak asasi manusia dan aktivis masalah perempuan. Sepanjang tahun ini, tidak ada perda baru berdasarkan hukum syariah yang ditetapkan. Pemerintah pusat belum mempertanyakan keabsahan peraturan-peraturan ini. Pada tahun 2005 pemerintah daerah Tangerang, Banten, mengeluarkan perda yang melarang perempuan yang “bertingkah seperti PSK” dan tidak ditemani oleh kerabat pria, mengunjungi tempat-tempat umum di Tangerang di malam hari. Peraturan tersebut juga melarang pengungkapan kasih sayang di depan umum. Pelanggaran atas peraturan tersebut dapat dikenai hukuman tiga bulan penjara atau denda sebesar-besarnya 1.666 dolar (15 juta rupiah). Banyak aktivis memprotes undang-undang tersebut karena dapat menyebabkan salah tangkap terhadap perempuan yang tidak bersalah.  

Perceraian bisa diajukan baik oleh laki-laki maupun perempuan. Warga Muslim yang berniat bercerai biasanya mengacu pada sistem peradilan keluarga yang berdasarkan pada Syariah sebagai alternatif yang lebih cepat dan lebih murah dibanding sistem peradilan negara. Warga non-Muslim mengajukan perceraian melalui sistem pengadilan nasional. Karena sikap prasangka, perempuan biasanya dibebani kewajiban pembuktian yang lebih berat dibanding laki-laki, terutama dalam sistem peradilan keluarga berdasarkan Syariah. Walaupun peradilan negara maupun Islam bisa memutuskan hal tunjangan, banyak pihak yang bercerai tidak menerima tunjangan, karena tidak ada sistem yang menegakkan ketentuan tentang pembayaran tunjangan tersebut. Baik laki-laki maupun perempuan mempertahankan harta masing-masing yang dimiliki sebelum perkawinan. Bila tidak ada kesepakatan pra-nikah, harta bersama dibagi secara adil. Undang-undang mengharuskan perempuan yang bercerai menunggu selama jangka waktu tertentu sebelum menikah kembali; laki-laki bisa langsung menikah kembali. 

Sepanjang tahun pemerintah terus menerapkan Syariah di Aceh. Dampak penerapan ini bervariasi dari satu wilayah ke wilayah lainnya, tetapi secara umum tampaknya tidak terlalu menyulitkan dibanding pada tahun 2006 karena adanya kemajuan dalam pengawasan pemerintah terhadap polisi Syariah. Dampak yang paling kentara atas hak-hak perempuan adalah penegakan aturan berpakaian. Tidak jarang polisi Syariah menahan untuk waktu singkat perempuan-perempuan yang berpakaian tidak sesuai dengan peraturan Syariah setempat dan memberikan ceramah kepada mereka tentang busana yang pantas. Pemerintah daerah dan kelompok-kelompok lokal di daerah lainnya di luar Aceh juga mengadakan kampanye yang menganjurkan ketaatan perempuan pada ketetapan-ketetapan Syariah. Beberapa perempuan mengatakan pada wartawan bahwa mereka merasa dipermalukan saat ditahan karena pelanggaran cara berpakaian.  

Perempuan mengalami diskriminasi di tempat kerja baik saat perekrutan maupun dalam hal mendapatkan kompensasi yang adil. Menurut laporan International Trade Union Confederation (ITUC) yang dikeluarkan tahun ini, perempuan memperoleh pendapatan 74 persen dari pendapatan laki-laki, lebih banyak menduduki posisi-posisi tanpa upah dan berupah rendah dalam sektor informal, dan hanya menduduki 17 persen posisi pimpinan. Menurut pemerintah, 43 persen pegawai sipil adalah perempuan namun kurang dari 7 persen berada di tingkatan pejabat tinggi pemerintah. 

Sejumlah aktivis mengatakan bahwa di lingkungan pabrik, majikan memberikan perempuan upah dan level pekerjaan yang rendah. Banyak pekerja pabrik perempuan dipekerjakan sebagai pekerja harian bukan sebagai pegawai tetap dan penuh waktu, dan perusahaan tidak diharuskan untuk memberikan fasilitas, seperti cuti hamil, bagi pekerja harian. Berdasarkan hukum, bila pasangan suami isteri keduanya bekerja di sebuah lembaga pemerintah, tunjangan kepala rumah tangga pasangan tersebut diberikan kepada suami.

Organisasi di seluruh negeri memperjuangkan hak-hak perempuan atau menangani masalah-masalah perempuan sepanjang tahun ini, termasuk Komnas Perempuan, Solidaritas Perempuan, Mitra Perempuan, LBH-Apik, dan ICMC The International Catholic Migration Commision (ICMC). 

Anak-anak
Pemerintah menyatakan komitmennya terhadap hak-hak anak, pendidikan dan kesejahteraan anak, namun tidak menyediakan sumber daya yang memadai untuk memenuhi komitmen tersebut. Walau undang-undang menyatakan pendidikan gratis, pada prakteknya kebanyakan sekolah tidak bebas biaya, dan kemiskinan menyebabkan pendidikan menjadi tidak terjangkau bagi banyak anak. Buruh anak dan kekerasan seksual menjadi masalah serius. Pada tahun 2003 pemimpin Komnas Perlindungan Anak menyebutkan masalah-masalah paling mendesak yang berhubungan dengan generasi muda negara tersebut adalah buruh anak, perdagangan anak, pelacuran anak, anak jalanan, anak-anak di wilayah konflik, dan anak-anak yang kekurangan gizi. Undang-undang Perlindungan Anak mengatur eksploitasi ekonomi dan seksual atas anak serta adopsi, perwalian, dan masalah-masalah lain; namun pemerintah sejumlah provinsi tidak melaksanakan peraturan tersebut. 

Walaupun hukum menyatakan bahwa pencatatan kelahiran bebas biaya, namun hal ini tidak dilaksanakan, dan kurang lebih 30 persen kelahiran warga negara tidak dicatat. Seringkali sulit untuk memastikan usia seorang anak secara pasti. Adakalanya usia dipalsukan dalam KTP dengan kerja sama petugas pemerintah. 

Menurut hukum, anak-anak diwajibkan menjalani masa enam tahun di sekolah dasar dan tiga tahun di sekolah menengah pertama; namun pada prakteknya, pemerintah tidak melaksanakan ketentuan ini. Menurut survei sosial ekonomi nasional rumah tangga tahun 2006 yang dilakukan pemerintah, tingkat pendaftaran sekolah untuk anak usia tujuh hingga 12 adalah 97,7 persen, 84,1 persen untuk anak-anak usia 13 hingga 15 tahun dan 53,9 persen untuk anak-anak usia 16 hingga 18. Walaupun anak perempuan dan anak laki-laki seharusnya menerima kesempatan pendidikan yang sama, anak laki-laki lebih mungkin untuk menyelesaikan sekolah.
Biaya pendidikan bulanan untuk sekolah umum beragam tergantung pada provinsi dan didasarkan pada rata-rata pendapatan. Sebuah keluarga harus mengeluarkan biaya antara 444 dolar sampai 777 dolar (empat juta rupiah hingga tujuh juta rupiah) setahun untuk uang sekolah, transportasi, dan perlengkapan sekolah siswa sekolah dasar dan menengah. Pada bulan Juni 2005, International Labor Organization (ILO) melakukan survei terbatas terhadap buruh anak di sejumlah daerah di lima provinsi (Sumatra Utara, Kalimantan Timur, Jawa Barat, Jawa Timur dan Sulawesi Selatan), yang mengungkap bahwa satu dari lima anak usia sekolah dari keluarga berpendapatan rendah tidak memiliki akses untuk pendidikan dan mengalami berbagai eksploitasi di pekerjaannya—baik sektor formal maupun informal. Survei tersebut juga menemukan bahwa dari 2.438 anak-anak usia sekolah di bawah usia 15 tahun, 19 persen tidak bersekolah. Tidak jelas berapa jumlah anak-anak yang harus putus sekolah untuk membantu menghidupi keluarga mereka. Di beberapa daerah terpencil di Jawa Timur, kurangnya jumlah sekolah di lokasi sekitar memicu tingkat putus sekolah hingga 50 persen dan menyebabkan anak-anak harus mencari pekerjaan. Di beberapa wilayah, orang tua dan kelompok-kelompok pengawas mengeluhkan korupsi di kalangan pegawai negeri sangat merusak kualitas pendidikan. 

Anak laki-laki dan anak perempuan memiliki akses yang sama untuk perawatan kesehatan yang disediakan oleh pemerintah.   

Penganiayaan anak dilarang oleh hukum, namun upaya pemerintah untuk memeranginya pada umumnya lambat dan tidak efektif. LSM-LSM melaporkan bahwa masih memerlukan waktu yang lama untuk membawa kasus perkosaan anak ke pengadilan dan mekanisme pelaporan dan penanganan penganiayaan anak tidak jelas.
Eksploitasi seksual komersil terhadap anak-anak masih terus menjadi masalah serius. Jumlah pelacur anak-anak di negara ini tidak jelas, namun masalah ini terjadi di mana-mana. Banyak gadis remaja dipaksa masuk atau terjebak dalam jerat hutang. Pada beberapa kasus, penegak hukum memperlakukan pelacur anak-anak lebih sebagai pelaku kejahatan daripada sebagai korban. Pegawai negeri yang korup mengeluarkan KTP untuk anak perempuan di bawah umur, membuka jalan mereka untuk masuk ke dalam perdagangan seks. Dilaporkan juga adanya eksploitasi seksual terhadap anak laki-laki. Sepanjang tahun LSM melaporkan bahwa jaringan pelaku pedofilia yang sudah lama aktif masih terus beroperasi di Bali. Sepanjang tahun ini polisi membongkar beberapa sindikat besar yang memperdagangkan anak-anak baik di dalam maupun ke luar negeri, menyelamatkan lusinan anak-anak dan menahan para petugas yang terlibat dalam pemalsuan usia anak-anak tersebut dalam surat-surat resmi.
Terdapat kasus-kasus di mana calo tenaga kerja membayar uang muka untuk upah yang akan dihasilkan anak-anak perempuan kepada orang tua mereka. Si anak diharuskan membayar kembali pada calo tenaga kerja. Para peneliti menggambarkan sebuah “budaya pelacuran” terjadi di beberapa daerah di negeri ini, di mana orang tua menyuruh anak-anak perempuan mereka bekerja sebagai pelacur di kota besar dan mengirimkan upah mereka ke rumah. 

Para pengamat LSM mengatakan banyak anak perempuan dipaksa masuk ke dunia pelacuran setelah gagal dalam perkawinan yang mereka jalani saat mereka berumur 10 hingga 14 tahun. Tidak ada pelanggaran hukum yang nyata, karena surat-surat mereka menyatakan diri mereka sebagai orang dewasa karena mereka pernah menikah.
Pemerintah secara resmi memperkirakan ada 2,1 juta pekerja anak di negeri ini. Pihak yang mendapat informasi lainnya percaya bahwa angka yang sebenarnya jauh lebih tinggi. 
Laporan PBB menemukan bahwa tahanan remaja di penjara-penjara di seluruh pulau Jawa berada dalam kondisi yang buruk. Laporan ini menyatakan bahwa anak-anak berusia 10 tahun mengalami penganiayaan fisik yang berat baik dari polisi maupun dari sesama tahanan. Walaupun anak-anak di tahan di rumah tahanan anak, namun karena banyaknya jumlah tahanan, anak-anak seringkali digabungkan dengan tahanan lainnya baik di rumah tahanan maupun di penjara,  sehingga meningkatkan kemungkinan terjadinya tindak penganiayaan.   

Di Jawa Timur, LSM-LSM setempat melaporkan bahwa pemerintah tidak begitu memperhatikan hak-hak anak pelaku kejahatan. Di Surabaya, anak-anak ditahan dalam fasilitas penahanan yang sama dengan orang dewasa selama penahanan tahap pra-sidang dan sidang. Satu-satunya penjara anak di Blitar, Jawa Timur terletak jauh dari pusat populasi di provinsi itu. Hingga bulan Juli 2006, terdapat 126 anak di penjara Blitar. Menurut Lembaga Perlindungan Anak (LPA), kondisi fisik di sana tidak manusiawi. Kebanyakan anak dari Surabaya dikirim kembali ke fasilitas untuk orang dewasa di wilayah Surabaya. Anak-anak seringkali mengalami penganiayaan di dalam tahanan.  

Sejumlah besar anak jalanan terlihat jelas di Jakarta dan provinsi Jawa Timur, Jawa Barat, Sumatra Utara, serta Sulawesi Selatan. Surabaya di Jawa Timur menjadi tempat bagi kurang lebih 8.000 anak jalanan. Banyak dari mereka dilaporkan rentan terhadap penganiayaan dan kekerasan seksual. Kurang lebih 40 tempat penampungan di provinsi tersebut menyediakan pelayanan bagi anak-anak tersebut. Pemerintah Kota Jakarta membuka sebuah penampungan dengan kapasitas kurang lebih 200 anak. Pemerintah terus mendanai tempat-tempat penampungan lain yang dikelola oleh LSM-LSM lokal dan membayar biaya pendidikan sebagian anak-anak jalanan tersebut. 

Di antara LSM yang memperjuangkan hak-hak anak adalah Jaringan Advokasi Anak, Komisi Nasional Perlindungan Anak, Pusat Studi dan Perlindungan Anak, serta Yayasan Kesejahteraan Anak Indonesia. 

Perdagangan Manusia
Pemerintah mengakui perdagangan manusia adalah kejahatan dan merupakan masalah nasional yang serius, dan pada bulan Maret memberlakukan undang-undang anti perdagangan manusia yang komprehensif. Pemerintah juga mengambil langkah-langkah terhadap keterlibatan yang berkaitan dengan korupsi. Undang-undang anti perdagangan manusia memenuhi standar internasional dan mencakup mandat yang komprehensif untuk penyelamatan dan rehabilitasi korban. Undang-undang ini menyatakan semua jenis perdagangan manusia melanggar hukum, termasuk pula masalah jeratan hutang dan eksploitasi seksual, serta memberikan hukuman yang berat bagi para pejabat dan agen tenaga kerja yang terlibat dalam perdagangan manusia. Hukuman untuk perdagangan manusia berkisar antara tiga hingga 15 tahun penjara, dengan hukuman bagi pejabat sepertiga kali lebih tinggi.  

Negara ini masih merupakan sumber utama bagi perdagangan manusia internasional, dan menghadapi masalah perdagangan manusia internal yang serius. Negara ini juga menerima pelacur-pelacur yang diperdagangkan walaupun jumlahnya relatif kecil dibandingkan dengan jumlah korban orang Indonesia. Negara ini bukan merupakan titik transit utama untuk perdagangan manusia. Malaysia dan Saudi Arabia serta negara-negara lain di Timur Tengah dan Asia merupakan negara-negara tujuan, dan ada beberapa dugaan kasus perdagangan manusia ke Amerika Serikat. Pelacuran, pekerjaan rumah tangga, dan pekerjaan di restoran dan hotel merupakan tujuan utama, di samping sejumlah pekerjaan paksa di bidang konstruksi dan perkebunan. Perempuan dan anak-anak juga diperdagangkan untuk tujuan perkawinan paksa, terutama ke Taiwan. Anak laki-laki dan perempuan di bawah usia 18 tahun, serta perempuan dari segala usia merupakan kelompok yang paling rentan untuk diperdagangkan; namun demikian semua warga negara yang miskin merupakan korban yang potensial. Para korban mengalami penganiayaan fisik dan psikologis, adakalanya berakibat kematian karena penganiayaan atau bunuh diri. Menurut catatan medis, kurang lebih 70 persen wanita yang diperdagangkan - termasuk para pembantu rumah tangga - terkena penyakit kelamin. Sebagian korban perdagangan manusia dipaksa untuk bekerja terus menerus, selama 7 hari seminggu, tanpa bayaran dan dalam kondisi yang tidak manusiawi.  

Jaringan perdagangan manusia merupakan sistem yang terdesentralisasi, yang dimulai dengan calo di lingkungan tempat tinggal korban yang memperdagangkan korban ke agen tenaga kerja di kota-kota besar, yang pada gilirannya menjual korban ke agen tenaga kerja di negara penerima. Pejabat pemerintah daerah, imigrasi, dan tenaga kerja terlibat dalam proses ini. Di dalam negeri, wanita dan gadis-gadis diperdagangkan sebagai pelacur oleh perekrut lokal dan dijual ke jaringan nasional yang canggih. Para pejabat lokal, polisi, dan militer juga terlibat dalam hal ini. 

Penegakan hukum terhadap para pedagang manusia meningkat sepanjang tahun ini; penangkapan meningkat dari 142 menjadi 165; penuntutan dan hukuman juga diyakini menunjukkan peningkatan, tetapi statistik tidak tersedia. Pada tahun 2006, hukuman rata-rata adalah 54 bulan penjara, dibandingkan dengan 30 bulan penjara pada tahun 2005. Sepanjang tahun ini pemerintah telah melatih lebih dari 1.000 petugas penegak hukum untuk memerangi perdagangan manusia, sering kali dalam kursus-kursus antar lembaga yang juga diikuti oleh LSM-LSM. Jumlah polisi dan jaksa khusus anti perdagangan manusia meningkat. Rencana Aksi Nasional membuat kerja sama nasional menjadi lebih efektif. Sepanjang tahun ini, di bawah undang-undang yang baru, terjadi lusinan penangkapan para pedagang manusia domestik maupun internasional dan ratusan korban berhasil diselamatkan. Kasus-kasus besar mencakup penangkapan seorang warga Yordania, tiga orang Siria, dan tiga orang Indonesia pada bulan Agustus, di mana 121 korban yang diperdagangkan berhasil diselamatkan. Sepanjang tahun ini para pejabat, termasuk diplomat dan pejabat imigrasi disidangkan atas kasus perdagangan manusia ini. Lusinan agen pemasok tenaga kerja dengan menggunakan dokumen-dokumen palsu ditutup. 

Rencana Aksi Nasional meningkatkan kerja sama antara lembaga penegak hukum, penyedia jasa sosial, dan LSM. Undang-undang anti perdagangan manusia dan Rencana Aksi Nasional menyediakan sistem untuk pencegahan, penegakan hukum, penyelamatan, dan rehabilitasi korban-korban perdagangan manusia. Gugus tugas nasional dan daerah mencakup pelayanan sosial, kesehatan, dan lembaga-lembaga penegak hukum, serta organisasi-organisasi masyarakat sipil. Korban perdagangan manusia dirawat di rumah-rumah sakit kepolisian di mana mereka menerima konseling dan ditanyai oleh polisi agar mereka dapat mengajukan tuntutan apabila mereka memilih melakukannya. Sepanjang tahun ini lusinan pedagang manusia disidangkan di bawah sistem ini. Bekerja sama dengan LSM-LSM internasional, pemerintah juga membantu merehabilitasi para korban dan memberikan mereka pendidikan atau keterampilan kerja. 

Stigma sosial karena diperdagangkan atau kembali pulang dalam keadaan miskin menghalangi banyak korban kembali bergabung dengan masyarakatnya; dalam beberapa kasus korban diperdagangkan oleh orang tua mereka sendiri dan menghadapi resiko diperdagangkan kembali apabila mereka pulang. Dana yang diberikan pemerintah untuk membantu korban tidak cukup. Masyarakat sipil memegang peranan penting dalam mencegah perdagangan manusia dan membantu para korban.  

Kecamatan Singkawang di Kalimantan Barat masih terkenal sebagai daerah di mana perempuan miskin dari etnis Cina dan remaja perempuan dari usia 14 hingga 20 tahun direkrut sebagai pengantin “pesanan” untuk para pria, terutama di Taiwan tapi juga di Hong Kong dan Singapura. Dalam beberapa kasus, perempuan diperdagangkan untuk eksploitasi seksual dan perlakuan serupa budak.   

Banyak korban menjadi rentan terhadap perdagangan manusia selama proses menjadi tenaga kerja di luar negeri. Banyak perusahaan jasa tenaga kerja (PJTKI) tanpa izin beroperasi di seluruh negeri dan terlibat dalam perdagangan manusia dalam tingkatan yang berbeda-beda, dan beberapa PJTKI yang memiliki izin pemerintah juga terlibat dalam perdagangan manusia. PJTKI seringkali mengenakan biaya yang sangat tinggi hingga mengakibatkan jeratan hutang dan orang-orang yang direkrut harus bekerja secara ilegal di luar negeri, yang meningkatkan kerentanan para pekerja terhadap perdagangan manusia dan bentuk kekerasan lainnya. 

Sumber-sumber yang dapat dipercaya menyebutkan bahwa beberapa oknum keamanan terlibat dalam mendirikan dan melindungi rumah-rumah bordil. Dilaporkan bahwa pelaku perdagangan manusia dan pemilik rumah bordil membayar uang perlindungan pada anggota keamanan. Sebuah survei LSM tentang perdagangan manusia di Papua menyimpulkan bahwa anggota militer mengelola atau melindungi rumah-rumah bordil yang ditempati korban-korban perdagangan manusia. Disamping polisi dan tentara, beberapa pejabat pemerintahan terlibat dalam perdagangan manusia terutama dalam pembuatan dokumen palsu. Kelaziman dan kemudahan memperoleh KTP nasional palsu yang bisa menyatakan seorang anak sebagai orang dewasa ikut memperparah masalah perdagangan manusia. Pada masyarakat dan pemerintah terdapat keengganan untuk mengakui bahwa pelacuran adalah masalah besar. 

Penyandang Cacat 

Pemerintah menggolongkan penyandang cacat ke dalam empat kategori: tuna netra, tuna rungu, tuna grahita dan tuna daksa. Undang-undang Dasar mengharuskan pemerintah memberikan pelayanan terhadap mereka; namun, “pelayanan” sendiri tidak didefinisikan, dan penyediaan pendidikan untuk anak-anak cacat tidak pernah disimpulkan dari kewajiban tersebut. Undang-undang juga mengamanatkan fasilitas publik agar bisa diakses oleh mereka yang cacat; namun, pemerintah tidak menegakkan ketentuan ini. Hanya sedikit bangunan dan hampir tidak ada fasilitas angkutan umum yang memberikan akses tersebut. Undang-undang mengharuskan perusahaan-perusahaan yang mempekerjakan lebih dari 100 karyawan agar menyediakan 1 persen posisi untuk penyandang cacat. Namun, pemerintah juga tidak menegakkan ketentuan tersebut, dan para penyandang cacat menghadapi diskriminasi yang besar. 

Di daerah perkotaan hanya sedikit bis kota yang menyediakan akses untuk kursi roda, dan banyak yang tuas hidroliknya dirusak hingga tidak bisa digunakan lagi. 

Tahun 2003, pemerintah menyatakan bahwa terdapat 1,3 juta anak cacat di negeri ini. Pada tahun 2007, menurut statistik pemerintah, ada 72.425 anak cacat yangbersekolah. Jumlah aktual anak cacat diyakini lebih tinggi lagi. Undang-undang memberikan hak memperoleh pendidikan dan perawatan rehabilitasi bagi anak-anak cacat. Seorang pejabat pemerintah menduga banyak orang tua memilih untuk memelihara anak-anak cacat di rumah; namun, banyak sekolah menolak mengakomodasi anak-anak tersebut, dengan alasan kurangnya sumber daya. Menurut pemerintah, ada 1.568 sekolah yang ditujukan untuk memberi pendidikan bagi anak-anak cacat; 1.202 diantaranya dikelola oleh pihak swasta. Beberapa penyandang cacat berusia muda memilih bekerja sebagai pengemis. 

Hanya sedikit perusahaan yang menyediakan fasilitas untuk penyandang cacat dan lebih sedikit lagi yang mempekerjakan mereka. Akses atas fasilitas umum bagi penyandang cacat sangat terbatas. Pada bulan November 2006, bandara baru di Surabaya dibuka dan menurut laporan tidak menyediakan akses bagi penyandang cacat. Kurangnya dana pada umumnya menjadi alasan utama untuk tidak meningkatkan akses. 

Pemerintah memberikan fasilitas pemungutan suara kepada penyandang cacat. Departemen Sosial bertanggung jawab melindungi hak para penyandang cacat.

Minoritas Nasional/Rasial/Etnis 

Pemerintah secara resmi mendorong toleransi rasial dan etnis. Etnis Cina, yang jumlahnya mencapai kurang lebih 3 persen dari keseluruhan penduduk, merupakan kelompok minoritas non pribumi terbesar, dan memainkan peranan penting dalam ekonomi. Peristiwa-peristiwa diskriminasi dan pelecehan terhadap etnis Cina terus menurun dibanding tahun-tahun sebelumnya. Reformasi yang baru berlangsung meningkatkan kebebasan di bidang agama dan budaya. Walau demikian, sebagian etnis Cina menyatakan bahwa para pegawai pemerintah masih melakukan diskriminasi terhadap mereka ketika mengeluarkan surat nikah maupun dalam layanan lain serta seringkali meminta uang suap untuk surat kewarganegaraan, walaupun surat tersebut tidak lagi diperlukan secara hukum. Seorang pengacara hukum bagi hak-hak etnis Cina menunjukkan 50 pasal dalam undang-undang, peraturan dan dekrit yang mendiskriminasi warga negara keturunan Cina. LSM-LSM seperti Gerakan Anti Diskriminasi Indonesia, menyerukan pemerintah untuk membatalkan pasal-pasal yang bersifat diskriminatif yang tersisa. 

Penduduk Pribumi 

Pemerintah menganggap semua warga negara sebagai “pribumi”; namun, pemerintah mengakui keberadaan beberapa “masyarakat terpencil” dan hak mereka untuk turut serta secara penuh dalam kehidupan politik dan sosial. Kelompok masyarakat ini mencakup berbagai jenis suku Dayak di Kalimantan, keluarga-keluarga yang hidup sebagai pengembara di laut dan 312 kelompok penduduk asli yang diakui resmi di Papua. Pada tahun ini penduduk asli, terutama di Papua, tetap mengalami masalah diskriminasi, dan sangat sedkit kemajuan yang dicapai menyangkut hak-hak atas tanah adat mereka. Kegiatan pertambangan dan penebangan hutan, yang kebanyakan ilegal, menghadirkan masalah-masalah sosial, ekonomis, dan logistik yang menonjol dalam kelompok masyarakat penduduk asli. Pemerintah gagal mencegah perusahaan-perusahaan domestik dan multinasional, yang seringkali berkolusi dengan militer dan kepolisian setempat, untuk tidak menjarah tanah milik penduduk asli. 

Di Papua, ketegangan terus terjadi antara penduduk asli Papua dan para migran dari provinsi-provinsi lain, antara penduduk pesisir dan masyarakat pedalaman, dan antar suku. 

Di Kalimantan Tengah, hubungan antara penduduk asli Dayak dan transmigran etnis Madura tetap buruk seusai kekerasan antar etnis tahun 2001. Hubungan antara kedua kelompok juga masih buruk di Kalimantan Barat, di mana bekas penduduk dari keturunan Madura dihalangi dalam upaya mendapatkan kembali tanah dan harta benda mereka. Pada bulan November dan Desember terjadi peningkatan ketegangan antara etnis Madura, etnis Cina, dan penduduk asli Dayak sehubungan dengan pemilihan umum daerah. 

Para aktivis hak asasi manusia mengatakan bahwa program transmigrasi yang disponsori pemerintah, yang memindahkan keluarga-keluarga miskin dari pulau Jawa dan Madura yang terlalu padat ke pulau-pulau yang lebih jarang penduduknya telah melanggar hak-hak penduduk asli, menumbuhkan permusuhan sosial, dan mendorong eksploitasi dan degradasi sumber daya alam yang menjadi gantungan hidup penduduk asli. Di beberapa wilayah, seperti sebagian Sulawesi, Maluku, Kalimantan, Aceh, dan Papua, hubungan antara para transmigran dan penduduk asli masih buruk. 

Kesewenangan Sosial dan Diskriminasi Lainnya 

Stigma dan diskriminasi terhadap penderita HIV/AIDS umum terjadi. Namun, pemerintah mendorong sikap toleransi, mengambil langkah-langkah untuk mencegah infeksi baru, serta memberikan obat antiretroviral (ART) secara cuma-cuma, walaupun terdapat beragam rintangan administratif. Toleransi pemerintah ini diikuti oleh semua tingkatan dalam masyarakat walaupun secara berbeda-beda; misalnya, upaya pencegahan seringkali tidak dilakukan secara agresif karena takut menimbulkan kemarahan kelompok konservatif agama, dan selain adanya rintangan dalam mendapatkan obat ART secara cuma-cuma, penerima obat juga diharuskan membayar biaya medis, yang jumlahnya di luar jangkauan banyak orang.  

Bagian 6 Hak-hak Pekerja 

a. Hak Untuk Berserikat 

Undang-undang menjamin hak-hak untuk berserikat secara luas bagi para pekerja, dan mereka menggunakan hak-hak tersebut. Hukum membolehkan para pekerja untuk mendirikan dan bergabung dengan serikat-serikat pekerja pilihan mereka tanpa memerlukan izin terlebih dahulu atau persyaratan yang berlebihan, dan para pekerja memang melakukannya. Hukum menetapkan bahwa 10 atau lebih pekerja berhak untuk membentuk perserikatan, dengan keanggotaan yang terbuka bagi semua pekerja, tanpa membedakan afiliasi politik, agama, etnis, atau jenis kelamin. Pekerja di sektor swasta, menurut hukum, bebas untuk membentuk organisasi pekerja tanpa perizinan terlebih dahulu, dan perserikatan dapat menyusun sendiri anggaran dasar dan peraturan serta memilih wakil-wakil. Departemen Tenaga Kerja dan Transmigrasi mencatat, bukannya menyetujui, pembentukan perserikatan, federasi, atau konfederasi dan memberikan nomor pendaftaran. Pada tahun ini, sejumlah serikat pekerja melaporkan bahwa kantor-kantor dinas tenaga kerja daerah melakukan penolakan pendaftaran berdasarkan prasangka tertentu. Kebanyakan anggota perserikatan tergabung pada salah satu dari tiga konfederasi perserikatan yang ada. 

Pada tahun 2005, Departemen Tenaga Kerja memperkirakan jumlah keseluruhan anggota serikat buruh kurang dari 4 persen dari keseluruhan angkatan kerja (termasuk sektor informal), atau 14 persen dari sektor formal.

Undang-undang memberikan kebebasan bagi pegawai negeri untuk berserikat dan berorganisasi, dan pegawai dari beberapa departemen membentuk persatuan pegawai; organisasi-organisasi serikat pekerja berupaya untuk mengorganisir para pekerja ini. Serikat-serikat pekerja juga berusaha mengorganisir pegawai dari badan usaha milik negara (BUMN), walaupun mereka mengalami hambatan dari pihak manajemen perusahaan, dan dasar hukum bagi pendaftaran perserikatan di BUMN masih tidak jelas. 

Undang-undang mengizinkan pemerintah mengajukan petisi pada pengadilan untuk membubarkan serikat pekerja bila bertentangan dengan ideologi negara (Pancasila) atau Undang-undang Dasar, atau jika pemimpin atau anggota serikat pekerja, atas nama serikat pekerja, melakukan tindak kejahatan terhadap keamanan negara dan dihukum setidaknya lima tahun penjara. Bila serikat pekerja dibubarkan, para pemimpin dan anggotanya tidak boleh membentuk serikat lain selama sedikitnya tiga tahun. Sepanjang tahun tidak ada laporan tentang pembubaran serikat pekerja oleh pemerintah. 

Undang-undang melarang diskriminasi anti serikat pekerja oleh majikan dan lainnya terhadap pengelola dan anggota serikat serta memberikan hukuman atas pelanggaran ketentuan tersebut; namun, dalam banyak kasus pemerintah tidak menegakkan hukum ini secara efektif. Banyak laporan yang dapat dipercaya mengatakan bahwa perlakuan pihak perusahaan terhadap pengelola serikat, termasuk pemecatan dan tindak kekerasan yang tidak dicegah secara efektif atau diperbaiki dalam pelaksanaannya. Sejumlah perusahaan memperingatkan pegawainya agar tidak mengadakan kontak dengan pengelola serikat. Beberapa serikat pekerja mengatakan bahwa pemimpin pemogokan kerja dipilih untuk dipecat saat perusahaan mengurangi pegawai. Terdapat persyaratan hukum yang mengharuskan perusahaan menerima kembali pekerja yang dipecat karena kegiatan perserikatan, walaupun dalam banyak kasus pemerintah tidak menegakkan aturan ini secara efektif. 

Menurut International Trade Union Confederation (ITUC), prosedur hukum berlangsung sangat lama untuk kasus-kasus diskriminasi anti serikat pekerja, kadang kala memakan waktu sampai enam tahun. Suap dan korupsi yudisial merupakan masalah bagi para pekerja yang terlibat dalam perselisihan, dan keputusannya seringkali merugikan mereka. Sementara pekerja yang dipecat dapat saja memperoleh ganti rugi keuangan, mereka hampir tidak pernah dipekerjakan kembali.

Pada bulan Agustus 2006, Amnesti Internasional menyerukan pada pemerintah untuk melepaskan enam pimpinan serikat buruh yang dipenjarakan, yang ditangkap menyusul terjadinya pemogokan kerja dan demonstrasi di sebuah perkebunan kelapa sawit di Provinsi Riau pada tahun 2004. Dua dari mereka dibebaskan pada bulan Mei. Empat orang lainnya sudah terlebih dulu dibebaskan. 

Perusahaan seringkali memindahkan pemimpin serikat pekerja ke pekerjaan-pekerjaan di mana mereka tidak dapat meneruskan kegiatan perserikatan mereka. Pada bulan September 2006, perusahaan asuransi tenaga kerja milik pemerintah, PT JAMSOSTEK, menurunkan pangkat dua orang pimpinan serikat pekerja JAMSOSTEK dan memindahkan 12 lainnya sehubungan dengan mosi tidak percaya pada pihak manajemen perusahaan yang dilakukan oleh serikat pekerja. Semua pekerja yang terkena sanksi menuntut perusahaan agar bisa dipekerjakan kembali pada posisi mereka sebelumnya. Pada bulan September perusahaan memindahkan kedua pimpinan tersebut ke kantor cabang dan diduga mengambil tindakan penghukuman terhadap delapan aktivis serikat pekerja lainnya.   

Pada bulan Mei, sebagai bagian dari perselisihan antara manajemen hotel yang dimiliki orang Eropa dan serikat pekerja, manajemen menghentikan pembayaran iuran serikat pekerja dan memecat 26 anggota serikat pekerja termasuk pejabat serikat pekerja. Pejabat serikat pekerja dihalangi untuk menghadiri pertemuan serikat pekerja di lingkungan hotel. 

b.   Hak untuk Berorganisasi dan Melakukan Tawar Menawar Secara Kolektif 

Menurut Departemen Tenaga Kerja, kurang lebih 25 persen perusahan yang memiliki lebih dari sepuluh karyawan mempunyai kesepakatan tawar menawar secara kolektif. Namun dalam kenyataannya, kesepakatan ini hampir tidak pernah melampaui ketentuan minimum yang ditetapkan oleh pemerintah dan seringkali dihasilkan oleh majikan yang menyusun kesepakatan tersebut secara sepihak dan memberikannya kepada wakil pekerja untuk ditandatangani dan bukannya merupakan hasil perundingan. Undang-undang mengizinkan serikat pekerja untuk melakukan kegiatan mereka tanpa campur tangan; namun pada prakteknya pemerintah seringkali tidak melindungi hak ini. Hukum mengizinkan adanya tawar menawar secara kolektif dan mengizinkan pula organisasi pekerja yang mendaftar pada pemerintah untuk membuat persetujuan buruh kolektif yang mengikat secara hukum dengan majikan serta untuk melaksanakan fungsi-fungsi serikat pekerja lainnya. Undang-undang tersebut juga mencakup pembatasan dalam tawar menawar kolektif, termasuk persyaratan bahwa sebuah atau beberapa serikat pekerja harus mewakili lebih dari 50 persen tenaga kerja perusahaan untuk merundingkan persetujuan buruh kolektif. 

Undang-undang Pengembangan dan Perlindungan Tenaga Kerja (Undang-undang Ketenagakerjaan), yang mengatur tawar menawar kolektif, hak untuk melakukan pemogokan dan kondisi kerja umum tidak berlaku untuk perusahaan milik negara. Sejumlah serikat pekerja menyatakan bahwa undang-undang itu tidak memuat tunjangan pesangon yang memadai dan perlindungan terhadap pemutusan hubungan kerja yang sewenang-wenang serta tidak cukup tegas melarang pengalihan kerja dan pekerja anak. Pemerintah terus menerbitkan petunjuk pelaksanaan untuk Undang-undang Ketenagakerjaan tersebut. 

Berdasarkan peraturan pemerintah, peraturan perusahaan diizinkan menggantikan kesepakatan tawar menawar secara kolektif dalam kebanyakan perusahaan, yang banyak di antaranya tidak mempunyai perwakilan serikat pekerja. Undang-undang Ketenagakerjaan mensyaratkan perusahaan dan buruh membentuk komite bersama majikan/pekerja di perusahaan-perusahaan yang memiliki 50 atau lebih pekerja, sebuah upaya untuk melembagakan pembangunan komunikasi dan kesepakatan. 

Berdasarkan Undang-undang Ketenagakerjaan, pekerja harus memberitahukan rencana pemogokan secara tertulis kepada pihak berwenang dan kepada perusahaan tujuh hari dimuka agar pemogokan tersebut sah, dengan mencantumkan pula tanggal dimulai dan berakhirnya pemogokan tersebut, tempat diadakannya, serta alasannya, dan ditandatangani oleh ketua dan sekretaris serikat pekerja. Peraturan menteri mengilegalkan semua pemogokan di “perusahaan yang melayani kepentingan umum atau perusahaan yang kegiatannya akan membahayakan keselamatan hidup manusia apabila tidak diteruskan…”. Jenis perusahaan apa yang termasuk dalam kategori ini tidak dijelaskan, dan hanya diketahui oleh pemerintah. Peraturan yang sama juga mengategorikan pemogokan sebagai ilegal apabila “bukan sebagai akibat dari perundingan yang gagal” dan memberikan majikan peluang untuk menghalangi tindakan serikat pekerja untuk melakukan pemogokan karena kegagalan dikategorikan sebagai perundingan yang menuju jalan buntu “yang dinyatakan oleh kedua belah pihak.” 

Sebelum pekerja dapat melakukan pemogokan, mereka harus mengupayakan mediasi lebih dahulu dengan majikan, dimulai dengan melakukan penawaran, dan apabila hal itu gagal, meneruskannya ke mediasi yang difasilitasi oleh mediator pemerintah. Peraturan menteri tersebut juga menetapkan bahwa dalam hal pemogokan yang ilegal, majikan harus membuat dua permohonan tertulis dalam waktu tujuh hari kepada pekerja untuk meminta mereka bekerja kembali. Pekerja yang tidak menanggapi permohonan tersebut dianggap sudah mengundurkan diri. Permohonan tersebut biasanya digunakan oleh para majikan sebagai taktik intimidasi terhadap para pekerja yang melakukan pemogokan.

Dalam prakteknya, pemogokan dilarang di sektor umum, dalam jasa pelayanan penting, dan di perusahaan-perusahaan yang melayani kepentingan umum. ITUC melaporkan bahwa hal ini jelas melampaui definisi dari larangan pemogokan yang dapat diterima oleh Komite ILO untuk Kebebasan Membentuk Perkumpulan, yang menyatakan bahwa pemogokan hanya boleh dibatasi apabila ada “ancaman yang jelas dan nyata terhadap kehidupan, keamanan pribadi, atau kesehatan dari seluruh atau sebagian populasi”. Prosedur mediasi yang harus dijalani sebelum melakukan pemogokan, yang mana diharuskan secara hukum serta memakan waktu lama tidak ditegakkan. Sebagai akibatnya, pemogokan seringkali merupakan pemogokan “liar” yang tidak ada sanksinya, yang meledak setelah kegagalan menyelesaikan keluhan jangka panjang atau ketika majikan menolak mengakui serikat pekerja.  

Pembayaran yang tidak memadai atau sama sekali tidak dilakukan untuk ganti rugi yang secara hukum diharuskan untuk paket pemutusan hubungan kerja, menyebabkan terjadinya pemogokan dan unjuk rasa buruh. Solidarity Center mendokumentasikan kasus-kasus di mana majikan asing di industri garmen dan sepatu, yang sedang menghadapi penurunan pesanan dan penutupan pabrik, melarikan diri ke luar negeri untuk menghindari pembayaran ganti rugi pemutusan hubungan kerja itu. 

Menurut Konfederasi Serikat Buruh Sejahtera Indonesia, hubungan antara pemerintah, majikan, dan pekerja masih tegang. Majikan memecat pekerja yang mencoba mendirikan serikat pekerja atau menurunkan jabatan pemimpin dan anggota serikat pekerja. Sejumlah serikat pekerja menyatakan bahwa pemimpin pemogokan dipilih untuk diberhentikan ketika perusahaan melakukan pengurangan tenaga kerja. 

Para aktivis buruh juga melaporkan bahwa manajer pabrik di beberapa lokasi menyewa tukang pukul untuk mengintimidasi dan menyerang anggota serikat pekerja yang mencoba mengadakan aksi mogok yang sah. Beberapa kali polisi melibatkan diri dengan cara yang tidak sesuai dan dengan penggunaan kekerasan dalam masalah-masalah perburuhan, biasanya untuk melindungi kepentingan majikan.  

Pada tanggal 1 Mei, Sarta bin Sarim bergabung dengan barisan buruh ketika mereka melewati tempat kerjanya di Tangerang, Jawa Barat, di mana ia merupakan ketua serikat pekerja setempat. Demonstrasi tersebut dilaporkan berjalan dengan damai dan tanpa insiden, tetapi pada malam harinya, polisi menangkap Sarta, bersama dengan 10 peserta lainnya yang bukan anggota serikat pekerja tersebut dari tempat kerja yang lain. Sarta melaporkan bahwa saat dalam tahanan, di mana petugas berada hanya beberapa kaki jauhnya, seorang tahanan lain memukulinya, dan bahwa kemudian polisi mengancamnya secara fisik dan memaksanya menandatangani laporan interogasi palsu. Ia mendekam selama tiga bulan di penjara di Tangerang karena melakukan “tindakan tak menyenangkan” dan dibebaskan pada tanggal 31 Juli. Ketika Sarta mengajukan banding ke pengadilan yang lebih tinggi, jaksa penuntut umum memanggil serikat pekerja Sarta, dan menurut seorang pejabat serikat pekerja, jaksa tersebut mengancam akan menuntut Sarta lagi apabila ia mengajukan banding. 

Serikat pekerja terkena dampak langsung dengan adanya kecenderungan yang meningkat untuk menggunakan tenaga kerja kontrakan. Di bawah Undang-undang Ketenagakerjaan, tenaga kerja kontrakan hanya boleh digunakan untuk pekerjaan yang “bersifat sementara”. Namun, menurut ITUC, banyak perusahaan melanggar ketetapan ini dengan bekerja sama dengan kantor-kantor departemen tenaga kerja setempat. Umumnya, perusahan menyatakan pailit guna menghindari membayar uang pesangon yang diharuskan oleh undang-undang, menutup pabriknya selama beberapa hari, dan kemudian mempekerjakan lagi para pekerja sebagai tenaga kerja kontrakan dengan upah yang lebih murah. Pemimpin serikat pekerja dan para aktivis biasanya tidak dipekerjakan lagi. 

Tidak ada undang-undang khusus atau pengecualian dari undang-undang ketenagakerjaan di zona-zona ekonomi khusus (ZEK). Walau demikian, pengamat non pemerintah, termasuk Solidarity Center, mengutarakan adanya sentimen dan aksi anti serikat kerja yang lebih kuat di kalangan majikan di ZEK. Sebagai contoh, majikan di perusahaan manufaktur di ZEK Batam cenderung mempekerjakan tenaga kerja berdasarkan kontrak dua tahunan dan lebih memilih mempekerjakan pekerja di bawah usia 24 tahun. Kedua praktik ini menghalangi pembentukan serikat kerja. 

c. Larangan atas Paksaan Kerja atau Kerja Wajib 

Undang-undang melarang paksaan bekerja atau kerja wajib, termasuk terhadap anak-anak; namun, menurut laporan praktek-praktek tersebut masih terjadi, termasuk paksaan bekerja dan kerja wajib terhadap anak-anak. 

Pemerintah mentolerir bentuk-bentuk kerja wajib yang dipraktekkan dalam proses perekrutan tenaga kerja migran. Praktek-praktek tak bermoral agen-agen pencari tenaga kerja, dan penegakan hukum yang buruk seringkali menjurus pada jeratan hutang dan pengurungan panjang yang tidak sah. Menurut laporan-laporan pers dan penelitian oleh Solidarity Center, agen-agen pencari tenaga kerja seringkali menahan para tenaga kerja migran di pusat-pusat penampungan, dalam beberapa kasus, hingga selama 14 bulan, sebelum mengirimkan mereka ke luar negeri. Selama di pusat penampungan para tenaga kerja migran biasanya tidak menerima pembayaran dan pencari kerja seringkali tidak mengizinkan mereka meninggalkan pusat penampungan tersebut. Pada kebanyakan kasus, para pekerja dipaksa membayar para agen untuk biaya tinggal mereka yang dipaksakan itu, yang berakibat pada jumlah hutang mereka yang besar kepada agen tadi. Departemen Tenaga Kerja mengambil langkah-langkah yang terbatas dalam menegakkan undang-undang perburuhan yang ada untuk mencegah agen pencari tenaga kerja memperdagangkan para tenaga kerja melalui jeratan hutang. Pada tahun 2006, polisi dan petugas departemen tenaga kerja menggerebek 32 pusat penampungan tenaga kerja migran yang terdaftar dan enam yang ilegal di Jakarta, dengan sasaran orang-orang yang menahan paksa calon tenaga kerja, baik dewasa maupun anak-anak, sebagian di bawah kondisi yang tidak manusiawi. Penggerebekan berakhir dengan pembebasan 3.438 calon tenaga kerja, dan penangkapan delapan tersangka. Departemen Tenaga Kerja tidak bisa memberikan informasi tentang status 20 kasus penangkapan hasil penggerebekan tahun 2004 dan 2005. 

Selama tahun ini pemerintah melakukan usaha secara terputus-putus untuk merundingkan ulang Kesepakatan (MOU) 2006 dengan pemerintah Malaysia tentang kondisi para pekerja Indonesia di Malaysia. Kesepakatan tersebut menyerahkan beberapa hak-hak dasar kepada majikan, terutama hak pekerja untuk memegang paspor mereka sendiri. Pemerintah menghentikan usaha perundingan ulang tersebut tidak lama kemudian.   

Gadis remaja dan wanita yang dipekerjakan sebagai pembantu rumah tangga seringkali ditahan melalui jeratan hutang. 

d.   Larangan atas Pekerja Anak dan Usia Minimum untuk Bekerja 

Undang-undang melarang anak-anak bekerja di sektor-sektor yang berbahaya dan pada bentuk yang paling buruk bagi pekerja anak. Namun, pemerintah tidak menegakkan undang-undang ini secara efektif. Undang-undang, peraturan dan praktek mengakui bahwa sebagian anak-anak harus bekerja untuk menambah pendapatan keluarga. Undang-undang ketenagakerjaan melarang mempekerjakan anak, yang didefinisikan sebagai orang di bawah usia 18 tahun, kecuali mereka yang berusia antara 13 hingga 15 tahun, yang bisa bekerja tidak lebih dari tiga jam per hari dan hanya di bawah sejumlah persyaratan lain, seperti persetujuan orang tua, tidak bekerja selama jam sekolah, dan pembayaran upah yang sah. Undang-undang tersebut sepertinya tidak membahas pengecualian untuk anak-anak usia 16 sampai 17 tahun. 

Rangka kerja resmi dan Rencana Aksi Nasional membahas masalah eksploitasi ekonomi dan seksual, termasuk pelacuran anak, perdagangan anak, dan keterlibatan anak-anak dalam perdagangan narkoba, serta memberikan hukuman pidana dan masa tahanan yang berat bagi orang-orang yang melanggar hak-hak asasi anak-anak. Penerapannya masih terus menjadi masalah. 

Pekerja anak masih menjadi masalah serius. Diperkirakan sekitar enam hingga delapan juta anak-anak bekerja melebihi batas legal tiga jam sehari, bekerja di bidang pertanian, berdagang asongan, pertambangan, konstruksi, pelacuran, dan bidang lainnya. Lebih banyak anak-anak yang bekerja di sektor informal daripada sektor formal. Sebagian anak-anak itu bekerja di pabrik-pabrik besar, namun jumlah mereka tidak diketahui, terutama karena dokumen yang menyebutkan usia dapat dengan mudah dipalsukan. Anak-anak bekerja di industri-industri seperti mebel rotan dan kayu, garmen, sepatu, pengolahan makanan, pembuatan mainan, dan juga operasi pertambangan skala kecil. Banyak anak perempuan antara usia 14 sampai 16 tahun bekerja sebagai pembantu rumah tangga menetap. ILO memperkirakan ada 2,6 juta pembantu rumah tangga di negara ini, di mana 688.000 di antaranya adalah anak-anak. Menurut laporan Human Rights Watch tahun 2005, anak-anak antara 12 dan 15 tahun bekerja selama 14 hingga 18 jam per hari, tujuh hari seminggu dari pukul 4 pagi hingga 10 malam untuk majikan yang seringkali melakukan ancaman fisik dan seksual. Banyak pembantu rumah tangga anak-anak tidak diperbolehkan belajar dan dipaksa bekerja untuk waktu yang lama, menerima upah rendah, dan umumnya tidak sadar akan hak-hak mereka. 

Undang-undang dan peraturan melarang pekerjaan yang mengikat dilakukan oleh anak-anak; namun, pemerintah tidak efektif dalam menghapus paksaan kerja terhadap anak-anak, yang masih merupakan masalah serius. Sejumlah besar anak-anak bekerja di luar kemauan mereka di bidang pelacuran, pornografi, mengemis, perdagangan narkoba, pekerjaan rumah tangga, dan situasi eksploitatif lainnya, termasuk sejumlah kecil di perikanan lepas pantai (jermal). 

Hambatan sosial dan budaya masih menjadi tantangan dalam menghadapi permasalahan pekerja anak. Banyak orang tua tidak setuju dengan upaya pemerintah untuk membatasi anak-anak bekerja, dengan alasan bahwa pemerintah tidak menawarkan dukungan ekonomi yang memadai untuk menjamin kesejahteraan keluarga mereka. 

Penerapan undang-undang pekerja anak sebagian besar masih tidak efektif. Meskipun ada langkah-langkah perundang-undangan dan peraturan, kebanyakan anak yang bekerja, termasuk sebagai pembantu rumah tangga, melakukan hal ini dalam lingkungan yang tidak ada regulasinya. Bukti anekdotal menunjukkan bahwa petugas dinas tenaga kerja hanya melakukan sedikit sekali penyelidikan terhadap masalah pekerja anak. 

e. Kondisi Kerja yang Memadai 

Pemerintah daerah di provinsi dan kabupaten, bukan pemerintah pusat, menetapkan upah minimum, yang beragam di tiap provinsi, kabupaten dan wilayah. Pemerintah daerah di provinsi menentukan tingkat upah minimum provinsi berdasarkan rekomendasi dewan pengupahan provinsi dengan unsur tripartit (buruh, majikan dan pemerintah). Rata-rata upah minimum provinsi menentukan pagu bawah untuk upah minimum di dalam suatu provinsi. Kabupaten menetapkan upah minimumnya dengan menggunakan upah tingkat provinsi sebagai acuan. Kabupaten juga menetapkan upah minimum di beberapa wilayah industri secara ad hoc. Provinsi dan kabupaten melakukan perundingan tarif upah minimum setahun sekali, yang seringkali mengundang kontroversi dan protes. 

Tingkat upah minimum yang ditetapkan oleh kebanyakan pemerintah daerah tidak memberikan standar hidup yang memadai bagi para pekerja dan keluarga mereka. Upah minimum tingkat provinsi pada umumnya berada di bawah perhitungan pemerintah akan kebutuhan dasar minimum. Pada tahun ini Aceh memberikan upah minimum tertinggi yaitu sekitar 105 dolar (1 juta rupiah) per bulan, sementara Departemen Tenaga Kerja melaporkan upah minimum resmi terendah sebesar 43 dolar (390 ribu rupiah) per bulan di salah satu wilayah. 

Dinas tenaga kerja daerah bertanggung jawab untuk menegakkan peraturan upah minimum. Penegakan masih tidak memadai, terutama di perusahaan-perusahaan kecil dan sektor informal. Pada prakteknya, tingkat upah minimum resmi hanya diterapkan di sektor formal, yang merupakan 35 persen dari angkatan kerja. 

Undang-undang ketenagakerjaan dan peraturan menteri memberikan bermacam tunjangan bagi pekerja. Orang yang bekerja di fasilitas yang lebih modern seringkali menerima tunjangan kesehatan, uang makan, dan transportasi. Undang-undang juga mensyaratkan majikan untuk mendaftarkan pekerja dengan membayar premi kepada perusahaan asuransi milik pemerintah JAMSOSTEK. 

Undang-undang menetapkan 40 jam kerja seminggu dengan istirahat selama 30 menit setiap empat jam kerja. Perusahaan seringkali membutuhkan lima setengah atau enam hari kerja dalam seminggu. Undang-undang juga mengharuskan setidaknya satu hari libur setiap minggu. Rata-rata upah lembur harian dihitung 1 ½ kali dari upah rata-rata kerja normal untuk jam pertama dan kelipatan dua kali untuk jam lembur berikutnya, dengan maksimum tiga jam lembur per hari dan tidak lebih dari 14 jam per minggu. Para pekerja di industri yang memproduksi barang eceran untuk ekspor acapkali bekerja lembur untuk memenuhi kuota dalam kontrak. Serikat pekerja mengeluhkan bahwa perusahaan mengandalkan lembur yang berlebihan pada sejumlah pabrik garmen dan perakitan barang elektronik, yang mengancam kesehatan dan keselamatan pekerja. Kepatuhan pada undang-undang yang mengatur tunjangan dan standar perburuhan berbeda menurut sektor dan wilayah. Pelanggaran oleh majikan terhadap persyaratan legal sangat umum terjadi, sehingga menyebabkan berbagai pemogokan dan protes. Solidarity Center melaporkan bahwa para pekerja di industri garmen bekerja dengan jam kerja yang sangat panjang namun karena slip gaji mereka tidak merinci jumlah lembur yang dibayarkan, para pekerja tidak bisa memastikan apakah mereka mendapat kompensasi penuh untuk kerja lemburnya. Departemen Tenaga Kerja terus mendorong para majikan untuk mematuhi hukum; namun, penegakan oleh pemerintah dan pengawasan terhadap standar perburuhan lemah. 

Baik undang-undang maupun peraturan mengatur standar minimum kesehatan dan keselamatan industrial. Pada prakteknya, catatan keselamatan pekerja di Indonesia buruk. JAMSOSTEK melaporkan terjadinya 37.845 kecelakaan pada tiga bulan pertama tahun ini, dibandingkan dengan 99.624 kecelakaan sepanjang tahun 2006. Pejabat daerah memiliki tanggung jawab penegakan standar-standar kesehatan dan keselamatan. 

Pada perusahaan besar, kualitas program kesehatan dan keselamatan kerja sangat beragam. Standar kesehatan dan keselamatan pada perusahaan kecil serta pada sektor informal cenderung lemah atau tidak ada sama sekali. Pekerja diwajibkan melaporkan kondisi kerja yang berbahaya, dan majikan dilarang oleh hukum untuk membalas mereka yang melaporkan kondisi-kondisi kerja yang berbahaya; namun, undang-undang ini tidak ditegakkan secara efektif.