(TERJEMAHAN TIDAK RESMI)

Dukungan terhadap Hak Asasi Manusia dan Demokrasi:  Catatan A.S. 2004 - 2005

(Bagian III)

Tujuan dan Penghargaan

Mendukung Hak Asasi Manusia dan Demokrasi: U.S. Record 2004-2005 Laporan ini disampaikan kepada Kongres oleh Departemen Luar Negeri untuk memenuhi Bagian 665 dari P.L. 107-228, Undang-Undang Otorisasi Hubungan Luar Negeri Tahun Fiskal 03, yang mewajibkan Departemen tersebut untuk melaporkan tindakan-tindakan yang dilakukan Pemerintah Amerika Serikat untuk mendorong penghargaan terhadap hak asasi manusia. Penyampaian tahunan yang ketiga ini melengkapi Laporan Negara tentang Praktek Hak Asasi Manusia untuk tahun 2004 yang sudah lama ada, dan mengambil langkah berikut, yaitu berpindah dari menyoroti perlakuan kejam ke mempublikasikan tindakan dan program yang telah digunakan Amerika Serikat untuk mengakhiri perlakuan kejam tersebut.

Tidak seperti Laporan 196 Negara tentang Praktek Hak Asasi Manusia, Mendukung Hak Asasi Manusia dan Demokrasi, U.S. Record 2004-2005 menyoroti usaha Amerika Serikat dan mempromosikan hak asasi manusia dan demokrasi dari 98 negara dan entitas - di mana ada pelanggaran hak asasi manusia yang paling banyak. Referensi untuk Hong Kong, Makao dan Tibet telah dimasukkan ke dalam laporan Cina, dan Sahara Barat disebutkan di dalam laporan Maroko. Untuk membuat agar laporan ini konsisten dengan kriteria di dalam perundang-undangan, maka laporan ini juga memasukkan sejumlah tambahan: Bahrain, Maladewa, dan Serbia - maupun sejumlah penghapusan: Belize, Komoro, Jibouti, Fiji, Lesotho dan Niger.

Mendukung Hak Asasi Manusia dan Demokrasi: U.S. Record 2004-2005 mencerminkan usaha yang dicurahkan ratusan pegawai Departemen Luar Negeri, U.S. Agency for International Development (USAID) dan pegawai pemerintah Amerika Serikat lainnya, maupun para pegawai dari banyak organisasi non-pemerintah (LSM). Kedutaan dan Konsulat Amerika Serikat membuat konsep awal dari laporan-laporan tersebut. Setelah pos-pos tersebut menyelesaikan konsep mereka, maka teks-teks tersebut dikirim ke Washington untuk diperiksa secara seksama oleh Biro Demokrasi, Hak Asasi Manusia dan Perburuhan, bekerja sama dengan Biro Umum dan kantor-kantor Departemen Luar Negeri lainnya serta Departemen dan instansi lainnya. Sambil bekerja dalam menganalisa dan mengedit laporan-laporan tersebut, para petugas Departemen menggunakan pengetahuan mereka sendiri tentang program dan kegiatan pemerintah Amerika Serikat.

Mendukung Hak Asasi Manusia dan Demokrasi: U.S. Record 2004-2005 akan digunakan sebagai sumber untuk membentuk kebijakan, melakukan diplomasi dan memberi alokasi bantuan, pelatihan dan sumber lain. Dokumen tersebut juga akan berfungsi sebagai dasar bagi kerjasama pemerintah Amerika Serikat dengan kelompok-kelompok swasta untuk mempromosi pemantauan terhadap hak asasi manusia dan demokrasi yang diakui secara internasional.

Staf redaksi dan produksi laporan dalam Biro Demokrasi, Hak Asasi Manusia dan Perburuhan, terdiri atas: Penasihat Redaksi Senior - Duta Besar Michael G. Kozak, Gretchen Birkle, Michael Butler, David M. Denehy, Gene Bigler dan Elizabeth Dugan; Produser Senior dan Redaksi Senior - Sally Buikema; Redaksi Senior - Oscar de Soto; Wakil Redaksi Senior - Kent Brokenshire; Redaksi dan Produser - Patrich Harvey; Perancang Grafis - Regina Cross; Redaksi - Charmaine Coleman, Stuart Crampton, Kara Cumberland, Jeannette Davis, Molly Davis, Patricia A. Davis, Pamela Erickson, Carol G. Finerty, Calli Fuller, Saba Ghori, Karen Gilbride, Vanessa Golding, Sondra Govatski, Donna Ifill, Ann Marie Jackson, Yvonne Jackson, Eunice Johnson, Kari Johnstone, Christina Jun, Lisa Kaplan, Jennifer King, Catherine Kuchta-Helbling, Jeff Le, Ramiro Martinez, Catherine Newling, Michael Orona, Susan O'Sullivan, Sarah Fox Ozkan, Dhyna Parker, Jennifer Pekkinen, Katitia Pitts, Wendy B. Silverman, Rana Siu, Diedra Spencer, Vonzella Taylor, Julie Turner, Lynda Walker-Johnson, dan Danika Walters; Janice Clark, Spesilais Pengawas PA; Ahli Pustaka Foto USAID- Patricia Adams; dan Web Editor - Monica Roll; Pelayanan Multi Media - William Palmer; Pegawai Magang - Monica Davis, Liam Fitzsimmons dan Claudia Mercado.


Pemilihan umum Indonesia yang damai dan sukses di tahun 2004, menandakan suatu prestasi perkembangan demokrasi yang menonjol di suatu wilayah yang secara kurang beruntung juga merupakan tempat tinggal dari rejim-rejim penindas yang otoriter. Junta militer Burma yang terus menahan pemenang Nobel Aung San Suu Kyi dan penindasan yang terus menerus oleh rejim Korea Utara terhadap warganya menonjolkan beberapa pelanggaran hak asasi manusia yang lebih berat di Asia Timur dan Pasifik. Sejumlah negara di Asia Timur dan Pasifik, termasuk Cina dan Vietnam, mengalami pelanggaran hak asasi manusia yang berat, kontrol masyarakat masyarakat sipil yang ketat, tidak adanya pemilihan umum yang demokratis, dan penerapan hukum yang lemah. 

Amerika Serikat mempunyai komitmen untuk mendorong pemerintah agar membangun demokrasi yang pluralistis dan representatif, membantu pembentukan sistem hukum yang transparan dan bertanggung jawab, serta memperkuat organisasi masyarakat sipil yang mampu meminta pertanggungan jawaban Pemerintah. Pembangunan masyarakat yang bebas, dengan ciri-ciri penghargaan terhadap standar hak asasi manusia internasional, lembaga demokrasi, suatu masyarakat sipil yang dewasa, kebebasan beragama dan peraturan hukum, merupakan suatu tujuan kebijakan luar negeri Amerika Serikat yang mendesak di Asia Timur dan Pasifik. Amerika Serikat mendorong penghargaan terhadap hak pekerja sesuai dengan standar perburuhan internasional, memastikan bahwa pertumbuhan ekonomi tidak akan mengorbankan kesejahteraan para pekerja. Amerika Serikat telah menekankan kepada negara-negara di seluruh Asia tentang perlunya melakukan peperangan terhadap terorisme dengan suatu cara yang konsisten dan dengan penghargaan terhadap hak asasi manusia. 

Untuk tujuan ini, Amerika Serikat menggunakan aneka ragam alat diplomatis untuk mendorong perubahan yang positif. Ini termasuk diplomasi bilateral, strategi multilateral, dan bantuan yang besar kepada program-program dan aktifitas-aktifitas. Amerika Serikat, melalui USAID, memberikan pendanaan yang besar kepada program-program demokrasi, tata pemerintahan dan hak asasi manusia di seluruh wilayah. Dana Hak Asasi Manusia dan Demokrasi dari Departemen Luar Negeri membantu program-program untuk mengembangkan demokrasi dan penegakkan hukum di Cina, Indonesia, Filipina, Kamboja, Malaysia, Laos, Fiji, Vietnam, Thailand dan Korea Utara. Amerika Serikat mengkoordinasi usaha-usaha tersebut dengan negara-negara lain melalui konsultasi dan mekanisme multilateral, termasuk Proses Bern, dimana beberapa negara ikut serta dalam konsultasi tentang bagaimana meningkatkan keefektifan dari masing-masing dialog hak asasi manusia mereka dengan Cina. Amerika Serikat juga bekerja melalui forum-forum multilateral, termasuk membantu mekanisme PBB seperti Pelapor Khusus dan Kelompok-kelompok Kerja, serta resolusi hak asasi manusia khusus-negara di Sidang Umum PBB dan Komisi PBB tentang Hak Asasi Manusia. 

Amerika Serikat dengan tegas terus berbicara menentang penindasan yang brutal dan pelanggaran hak asasi manusia yang terjadi di beberapa negara dalam wilayah tersebut. Di samping pertemuan-pertemuan bilateral yang reguler dengan para sahabat diskusi Asia tentang isu-isu hak asasi manusia, Amerika Serikat juga telah melakukan dialog-dialog hak asasi manusia dengan Cina dan Vietnam. Namun, dikarenakan tidak adanya kemajuan cukup dari isu-isu hak asasi manusia di kedua negara tersebut, tidak ada babak baru yang dijadwalkan dalam tahun 2004 dengan salah satu dari kedua negara tersebut. Amerika Serikat tetap berpendapat bahwa dialog hanya dilakukan bilamana hasil-hasil yang positif telah dicapai. 

Amerika Serikat secara konsisten mendorong negara-negara di wilayah tersebut untuk menegosiasikan penyelesaian damai terhadap konflik-konflik internal dan untuk mencegah penganiayaan terhadap warga sipil serta penyiksaan lain oleh aparat keamanan sebagai pelanggaran terhadap undang-undang hak asasi manusia internasional. Amerika Serikat juga telah bekerja untuk mempromosikan pembaharuan dan pertanggungjawaban dalam tubuh satuan keamanan dari masing-masing negara-negara di Asia Timur dan Pasifik.

Membantu Media Independen

Dengan dua tahun bantuan hibah dari Amerika Serikat, Dana Pinjaman Pengembangan Media memulai suatu kemitraan dengan satu-satunya organisasi berita radio yang independen di seluruh Indonesia, yaitu Kantor Pevita Radio 68H, untuk memproduksi dan membuat suatu program lokal yang disebut "Asia Calling". Program mingguan selama 30 menit ini, dalam bahasa Inggris dan Indonesia, saat ini telah menjangkau sekitar 2 juta pendengar dan merupakan suatu pendekatan yang inovatif terhadap promosi demokrasi dan hak asasi manusia di negara demokrasi ketiga terbesar di dunia dan yang merupakan tempat tinggal dari populasi Muslim terbesar di dunia. Pada saat banyak bangsa berjuang melawan ekstremisme, "Asia Calling" menawarkan suara-suara lokal tentang toleransi dan keterbukaan terhadap peristiwa-peristiwa yang paling menekan saat ini, yang mempengaruhi rakyat di Asia pada saat ini. 

Di samping liputan umum "Asia Calling" tentang pemilihan umum Presiden tahun 2004 di Indonesia, program tersebut juga menonjolkan laporan-laporan tentang dampak terorisme terhadap pemilihan umum, maupun pelantikan Presiden Yudhoyono dan harapan terhadap pemerintahannya. "Asia Calling" telah menonjolkan penyusunan program yang penting tentang toleransi beragama. Program ini membahas penindasan terhadap kebebasan beragama di Vietnam, jaringan Islam Liberal di Indonesia dan dampaknya terhadap masyarakat dan kekerasan di Thailand Selatan, serta penindasan terhadap Muslim Uighur di Cina. Pada saat tsunami menghancurkan Propinsi Aceh, staf Radio 68H membantu untuk membangun kembali stasiun-stasiun radio setempat, dan memberikan laporan tentang tsunami, meliput situasi di Aceh serta peselisihan politiknya, usaha bantuan global, dampak terhadap para migran Birma di Thailand, serta konferensi tsunami dari Perhimpunan Bangsa-bangsa Asia Tenggara (ASEAN). 

Bersama-sama dengan para koresponden lokal dan regional, "Asia Calling" saat ini merupakan suatu sumber berita lokal yang dipercaya, dengan jumlah pendengar yang senantiasa meningkat. Dengan akan melakukan siaran di negara-negara lain di Asia Tenggara dalam waktu dekat, maka "Asia Calling" akan membantu mempromosikan suatu pengertian bersama tentang tantangan-tantangan yang dihadapi wilayah ini dan mendorong partisipasi warga yang lebih besar di dalam kehidupan publik.

Indonesia 
Indonesia membuat kemajuan besar dalam melaksanakan demokrasi tahun 2004 ini, dan mengambil langkah-langkah lebih maju dalam transisinya dari tiga dekade di bawah kekuasaan yang menindas dan otoriter ke suatu demokrasi yang lebih pluralistis dan representatif. Negara tersebut menyelenggarakan pemilihan presiden langsung yang bebas, adil dan damai, dan merupakan demokrasi terbesar ketiga di dunia dan memiliki populasi Muslim terbesar di dunia. Kira-kira delapan puluh persen dari jumlah pemilih yang memenuhi syarat berpartisipasi, yang berarti kira-kira 117 juta orang menggunakan hak pilih mereka. Sebelumnya badan legislatif yang memilih Presiden. Sesuai dengan perubahan undang-undang dasar, pemerintah telah mengurangi peranan politik formal anggota polisi dan militer, yang kehilangan jatah kursi mereka dalam Dewan Perwakilan Rakyat pada bulan Oktober saat badan legislatif yang baru diambil sumpahnya. Namun, catatan hak asasi manusia secara keseluruhan masih tetap buruk. Walaupun ada sedikit perbaikan di beberapa bidang, masalah-masalah serius masih tetap ada. Aparat militer dan polisi melakukan pelanggaran, termasuk pembunuhan dan penganiayaan di luar hukum, khususnya di Propinsi Aceh dan Papua. Sistem pengadilan yang lemah dan korup seringkali gagal untuk meminta pertanggungjawaban para pelanggar hukum. Pihak militer telah mengambil langkah-langkah yang lebih besar untuk menghukum para pelanggar hak asasi manusia di lingkungannya, tetapi - sebagaimana dengan sistem peradilan sipil - hukuman dalam banyak hal tidak sesuai dengan pelanggaran. Pemerintah seringkali gagal untuk menegakkan hak fundamental anak, perempuan, demonstran damai, orang cacat, agama minoritas dan kelompok pribumi. 

Amerika Serikat melakukan usaha yang agresif dan bervariasi dalam mempromosikan hak asasi manusia dan demokrasi di Indonesia. Duta Besar dan para pejabat Amerika Serikat lainnya dimuka umum sering menyoroti tentang perlunya perlindungan terhadap hak asasi manusia, dan memberikan waktu, tenaga dan sumberdaya untuk membantu menghadapi masalah-masalah seperti perdagangan orang (TIP), tidak bertoleransi dalam beragama dan ancaman terhadap kebebasan pers. Karena banyak pelanggaran hak asasi manusia melibatkan militer dan polisi, yang secara kolektif dikenal sebagai satuan keamanan, maka Amerika Serikat memusatkan usaha hak asasi manusianya untuk mendorong pembaharuan dan pertanggungjawaban militer, menjadikan polisi yang profesional dan membangun lembaga-lembaga masyarakat sipil yang sangat perlu untuk mendukung transisi demokrasi. Para pejabat Amerika Serikat, khususnya pejabat yang menangani masalah hak asasi manusia di Kedutaan Jakarta, seringkali bekerja dengan kelompok mahasiswa, lembaga swadaya masyarakat (LSM), aktivis buruh, perwakilan dari agama dan etnis minoritas, pimpinan kelompok pribumi dan lain-lain. 

Amerika Serikat memberikan bantuan yang luas dan penting sekali pada pemilihan umum untuk membantu transisi demokrasi yang luar biasa di Indonesia. Bantuan ini mendukung proses pemilihan umum di negara dengan 543.000 tempat pemungutan suara dan lebih dari 145 juta pemilih, yang berbicara lebih dari 250 bahasa dan dialek. Amerika Serikat memberikan bantuan yang mencakup bantuan teknis kepada otoritas pemilihan nasional dan lokal, program pendidikan pemilih, serta prakarsa pemantauan domestik untuk melindungi keutuhan surat suara dan peninjau internasional.Kedutaan Besar Amerika Serikat di Jakarta melakukan peranan aktif dalam memantau pemilihan umum dengan mengirimkan lebih dari 60 pemantau pada masing-masing dari ketiga putaran pemungutan suara. 

Dalam usaha menjangkau masyarakat Muslim, Amerika Serikat mensponsori para pembicara dari lusinan pesantren, madrasah serta lembaga-lembaga pendidikan tinggi Islam, untuk bertukar pandangan tentang pluralisme, toleransi dan penghargaan terhadap Hak Asasi Manusia. Kedutaan mengirimkan sejumlah pemimpin dari 80 pesantren ke Amerika Serikat untuk mengikuti suatu program tiga-minggu tentang pluralisme agama, pendidikan kewarganegaraan dan pembangunan pendidikan. Di samping itu, kedutaan juga mengirim 38 siswa dan enam guru ke Amerika Serikat selama 4 minggu untuk mengikuti suatu Program Kepemimpinan Pemuda Muslim, dan melalui Program Pertukaran dan Studi Pemuda (YES), lebih dari 60 siswa Muslim mengikuti program satu-tahun di sekolah-sekolah menengah di seluruh Amerika Serikat. Wartawan dari kira-kira 10 agen media Islam berkunjung ke Amerika Serikat untuk melakukan perjalanan pelaporan. Di tingkat universitas, suatu hibah multi-tahun membantu untuk melakukan suatu program pendidikan kewarganegaraan di seluruh sistem Universitas Muhammadiyah. Bantuan lain yang terpisah membantu suatu lembaga studi Islam di Yogyakarta untuk melakukan pelatihan tentang Hak Asasi Manusia dan menyelenggarakan kursus-kursus yang meningkatkan toleransi. Bantuan juga diberikan kepada dua universitas Amerika Serikat untuk pelatihan dan pertukaran penongonan konflik, dan untuk mendirikan lima pusat mediasi di lembaga-lembaga Muslim. 

Dalam membantu jangkauan jangka panjang, lima American Corners dibuka di lembaga-lembaga pendidikan tinggi Muslim di seluruh Indonesia. Amerika Serikat juga mendanai The Asia Foundation untuk mendirikan suatu pusat internasional dalam memajukan hubungan regional dan internasional di antara para intelektual dan aktivis Muslim progresif dalam mengangkat suatu wacana tingkat internasional tentang penafsiran Islam progresif. Amerika Serikat juga memberikan pendanaan kepada berbagai organisasi Muslim dan pesantren untuk mengangkat persamaan jender dan anak perempuan dengan memperkuat pengertian tentang nilai-nilai tersebut di antara para pemimpin perempuan masyarakat dan membantu demokratisasi serta kesadaran jender di pesantren melalui pemberdayaan pemimpin pesantren laki-laki dan perempuan. Mengembangkan suatu lingkungan dimana orang Indonesia dapat secara bebas menggunakan hak-hak sipil dan politik mereka adalah kritis bagi tujuan kebijakan luar negeri Amerika Serikat dalam memelihara pluralisme dan toleransi untuk menghadapi ekstrimisme. Kebebasan pers berada di bawah ketegangan, dimana para preman kadang-kadang menyerang para wartawan, dan politikus serta para pembesar menggunakan tindakan hukum kriminal atau perdata terhadap para redaksi dan wartawan. Aliansi Pers Asia Tenggara (SEAPA) yang didanai Amerika Serikat memantau luasnya kekerasan dan intimidasi terhadap para wartawan di Indonesia. Para pejabat Amerika Serikat menyampaikan kekhawatiran mereka kepada Pemerintah terhadap jumlah para pemrotes damai yang semakin banyak dipenjarakan karena "menghina Presiden" atau "menyebarkan kebencian terhadap Pemerintah". 

Para diplomat Amerika Serikat secara tetap memantau dan hadir pada beberapa penuntutan kriminal terhadap pers, termasuk persidangan terhadap Bambang Harymurti, seorang jurnalis terkemuka, yang dituntut di bawah Kitab Undang Undang Hukum Pidana karena memfitnah. Amerika Serikat mendorong pertumbuhan dan perluasan dari radio berita di seluruh wilayah Asia Tenggara dengan membantu program berita radio yang independen, asli, dan pro-demokrasi yang berkedudukan di luar Jakarta. Untuk memperkuat penghargaan terhadap Paras kedaulatan hukum, Amerika Serikat memberikan program-program pelatihan profesional di Indonesia dan di wilayah tersebut, dengan tujuan untuk meningkatkan kapasitas dan profesionalisme para jaksa, polisi dan hakim tentang isu-isu yang berkisar dari etika sampai ke pencucian uang. Amerika Serikat terus memberikan bantuan teknis kepada Tim Pembaharuan Mahkamah Agung, yang telah diberikan mandat untuk melaksanakan rekomendasi yang ditetapkan di dalam rangkaian cetak biru peradilan atau rencana pembaharuan yang telah disusun. Amerika Serikat juga memberikan keahlian yang perlu kepada Mahkamah Konstitusi untuk membantunya dalam menyelesaikan perselisihan pemilihan. Bantuan tersebut memperkuat kapasitas dari personil Mahkamah Konstitusi untuk melakukan penelitian hukum yang relevan dan membuat memorandum hukum bagi peradilan yang mengadili kasus-kasus tersebut. Amerika Serikat membantu Kejaksaan Agung dalam merumuskan garis pedoman tentang peranan para jaksa dan suatu Kitab Undang-Undang Standar Profesional. Standar-standar tersebut akan memberikan dasar bagi pembangunan profesi kejaksaan Indonesia di masa depan, khususnya tentang rekrutmen, pengawasan, pelatihan serta pembangunan kelembagaan Kejaksaan Agung. Amerika Serikat juga membantu LSM, yaitu Indonesia Corruption Watch, untuk menangani peradilan korupsi dengan memantau persidangan. Amerika Serikat meneruskan usaha untuk membantu polisi nasional dalam melakukan transisi ke suatu instansi penegakan hukum sipil, didasarkan atas prinsip-prinsip demokrasi dan Hak Asasi Manusia. Suatu prakarsa pelatihan berjudul Transisi ke Pemolisian Demokrasi (TDP) dimulai dengan pelatihan 30 instruktur polisi Indonesia oleh polisi Amerika, yang memungkinkan mereka untuk melatih yang lain dalam TDP. Dengan bantuan dari para pelatih Amerika Serikat, maka ke 30 instruktur Indonesia tersebut mengajar 300 instruktur tambahan tentang bagaimana mengintegrasikan demokrasi dan hak asasi manusia ke dalam pekerjaan polisi. 

Polisi nasional saat ini menyelenggarakan pelatihan TDPnya sendiri di seluruh negara agar dapat menyampaikan prinsip-prinsip pemolisian di dalam suatu demokrasi kepada lebih dari 175.000 petugas polisi. Di Yogyakarta, Jawa Tengah, pembuatan Program Pemolisian Berorientasi-Masyarakat terus memberikan suatu dampak yang positif termasuk bantuan yang lebih luas dari pemerintah daerah dan masyarakat bisnis. Pemerintah daerah telah sepakat untuk memperluas proyek percontohan tersebut ke kecamatan lain, mengeluarkan peraturan-peraturan daerah dan mengalokasikan pemberian anggaran yang perlu untuk membantu Program Pemolisian Berorientasi-Masyarakat di daerah-daerah lain. Kedutaan secara ketat memantau semua sidang pengadilan yang melibatkan orang-orang yang dituntut karena kejahatan terhadap kemanusiaan, dan berbicara pada saat tindakan (tidak ada tindakan) yang dilakukan oleh para jaksa yang patut dipertanyakan secara keseluruhan dari proses peradilan tersebut, sebagaimana kasus di Pengadilan Timor Timur. Amerika Serikat telah menekankan tentang pentingnya mendapat pertanggungan jawab yang kredibel untuk kejahatan terhadap kemanusiaan yang dilakukan di Timor Timur selama dan setelah referendum di daerah tersebut dalam tahun 1999. Di dalam suatu pertemuan bulan Desember dengan Menteri Luar Negeri Wirajuda dan Menteri Luar Negeri Timor Timur Ramos Horta, Menteri Luar Negeri Powell telah menekankan tentang pentingnya pertanggungan jawab, dan menegaskan kembali bantuan Amerika Serikat kepada suatu Komisi Ahli PBB agar pergi ke kedua negara tersebut untuk mengevaluasi mekanisme pertanggungan jawab saat ini dan merekomendasi langkah-langkah selanjutnya. Amerika Serikat mendorong militer untuk memperbaiki diri dari dalam dan luar, melalui pembukaan yang terus menerus terhadap Perluasan Program Pendidikan dan Pelatihan Militer Internasional. Program ini, yang juga mengikutsertakan sejumlah orang sipil, menekankan pada program-program non-pertempuran berkaitan dengan profesionalisasi, menyoroti cara-cara untuk pengawasan sipil terhadap militer, memperbaiki sistem peradilan militer dan meningkatkan penghargaan terhadap hak asasi manusia. Beberapa kursus mencoba untuk memperbaiki sistem peradilan militer, sementara yang lain meningkatkan kapasitas penyidikan dari polisi militer. Para pejabat Amerika Serikat seringkali bertemu dengan para pejabat militer Indonesia dan mendorong reformasi militer. 

Di Aceh, konflik bersenjata antara Gerakan Aceh Merdeka (GAM) dan Tentara Nasional Indonesia (TNI) telah berlanjut selama bertahun-tahun, yang sangat membuat situasi Hak Asasi Manusia di propinsi tersebut menjadi buruk dan membahayakan masyarakat sipil yang rapuh. Status Darurat Miliater, yang dilaksanakan dalam bulan Mei 2003, terus berlanjut sampai bulan Mei 2004, selanjutnya Pemerintah Indonesia memberlakukan status Darurat Sipil. Pertempuran antara GAM dan TNI terus berlanjut tanpa mereda selama keadaan Darurat Sipil, sebagaimana juga pembatasan terhadap kebebasan sipil. Amerika Serikat seringkali mendesak Pemerintah Indonesia untuk melindungi hak dari mereka yang tidak berperang dan memberikan akses kepada kelompok-kelompok kemanusiaan dan para wartawan. Amerika Serikat juga mendukung organisasi masyarakat sipil yang membantu program hak asasi manusia, mengadvokasi penyelesaian konflik secara damai, dan membantu mendanai perawatan korban penganiayaan. Diyakini bahwa lebih dari seperempat juta orang Aceh telah meninggal di dalam gempa bumi dan tsunami yang melanda propinsi tersebut pada tanggal 26 Desember 2004. Amerika Serikat segera mulai memberikan bantuan darurat kepada para korban melalui badan-badan pelaksana Amerika Serikat di Aceh. 

Kedutaan mengkoordinasi respon Amerika Serikat dengan komando militer, yang memperoleh respon yang cepat dari angkatan bersenjata Amerika Serikat, termasuk mengirim USS Lincoln Battle Group ke daerah bencana tsunami. Kantor USAID untuk Bantuan Bencana Luar Negeri juga mengirimkan dengan cepat bantuan darurat sebagaimana mestinya dan sumber daya tambahan ke wilayah tersebut. Bantuan Amerika Serikat memenuhi kebutuhan kemanusiaan yang mendesak, sambil juga membantu demokrasi dan stabilitas Indonesia yang timbul pada suatu titik waktu yang kritis. Oleh karena adanya kehancuran yang begitu besar dan penderitaan manusia, maka GAM menyatakan suatu gencatan senjata dan Pemerintah membuka daerah-daerah yang terkena tsunami di Aceh kepada para pekerja kemanusiaan dan wartawan internasional. Di Papua, dimana militer Indonesia memiliki sejarah reaksi opresif terhadap kegiatan separatis, Amerika Serikat mengambil langkah-langkah untuk memperbaiki pemantauan dan investigasi terhadap pelanggaran hak asasi manusia. Amerika Serikat terus menuntut keadilan bagi pembunuhan bulan Agustus 2002 terhadap dua warga negara Amerika Serikat di dekat kota Timika. Pihak berwenang Indonesia bekerjasama dengan Biro Penyidik Federal (FBI) Amerika Serikat menyelidiki pembunuhan tersebut. Pengadilan Distrik Amerika Serikat untuk District of Columbia menuntut Anthonius Wamang, seorang pemberontak separatis yang diduga membelot dan mempunyai kaitan dengan pembunuhan tersebut, tapi sampai laporan ini dibuat ia masih tetap bebas. Amerika Serikat terus menekan pihak berwenang di Indonesia untuk menangkap dan mengadili Wamang. 

Propinsi Maluku dan Maluku Utara mengalami hanya sedikit kekerasan sectarian dalam tahun 2004, kecuali satu letupan dalam bulan April yang dicetus oleh peringatan hari ulang tahun dari suatu gerakan separatis yang mayoritas anggotanya orang Kristen. Staf dari konsulat Amerika Serikat di Surabaya melakukan perjalanan ke kedua propinsi tersebut untuk bertemu dengan para pemimpin dan mendorong usaha yang terus menerus bagi rekonsiliasi dan pemecahan konflik yang efektif. Dalam tahun 2004 Sulawesi Tengah terus menderita karena timbulnya kekerasan secara sporadis, termasuk penembakan terhadap gereja-gereja setempat yang belum terselesaikan dan pengeboman terhadap sebuah bis di dekat kota Palu. Seluruh tiga propinsi tersebut masih memerlukan usaha-usaha rekonsiliasi dan rekonstruksi yang luas. Pendanaan Amerika Serikat membantu LSM CARE untuk terus maju dengan proyek-proyek pembangunan masyarakat dan membangun rumah-rumah bagi mereka yang terlantar akibat konflik. Di Propinsi Sulawesi Tengah dan Maluku, pendanaan Amerika Serikat membantu LSM Mercy Corps memberikan bantuan kepada mereka yang menjadi penganggur karena konflik, dengan menyediakan program-program pendapatan-penghasilan. LSM International Medical Corps menggunakan dana Amerika Serikat untuk memberikan perawatan darurat dan kesehatan primer kepada penduduk Maluku di pulau-pulau terpencil dimana kekerasan sektarian telah menghancurkan fasilitas kesehatan. 

Para pejabat Pemerintah Amerika Serikat secara teratur bertemu dengan para pemimpin agama dan sipil untuk mendorong saling menghormati dan bekerjasama, pada saat yang sama menyuarakan keadilan bagi mereka yang telah melakukan pelanggaran hak asasi manusia yang berat di masa lampau. Untuk melindungi hak perempuan, Amerika Serikat membantu meningkatkan kesadaran tentang kekerasan dalam rumah tangga melalui Foundation for the Elimination of Violence Against Women (Yayasan untuk Penghapusan Kekerasan Terhadap Perempuan); membantu suatu kampanye media untuk menginformasikan kepada kaum perempuan tentang hak mereka; mencoba untuk memberdayakan perempuan melalui program pesantren; membantu pembuatan suatu database nasional dari para calon potensial perempuan potensial untuk partai politik; dan melalui Foundation to Assist in the Protection of Women (Yayasan untuk Membantu Perlindungan terhadap Perempuan), mempelajari bagaimana polisi memperlakukan korban Perdagangan perempuan. 

Amerika Serikat menempatkan sejumlah dokumentasi yang berkaitan dengan perempuan dan klip-klip berita di televisi lokal. Lusinan perempuan mengambil bagian di dalam International Visitors Program, Voluntary Visitor, Fulbright Summer Institute dan program-program lainnya, yang banyak diantaranya memusatkan pada isu-isu hak asasi manusia. Bantuan Amerika Serikat kepada Komisi Nasional tentang Kekerasan Terhadap Perempuan menghasilkan keputusan pemerintah Indonesia untuk mendirikan pusat-pusat krisis perempuan secara regional. Yayasan Jurnal Perempuan, yang didanai Amerika Serikat, memproduksi sebuah majalah bulanan dan pertunjukan radio mingguan yang mencapai 158 stasiun. Amerika Serikat bekerja dengan Organisasi Buruh Internasional dan Solidarity Center untuk meningkatkan kesadaran tentang dan memerangi masalah pekerja anak. Departemen Tenaga Kerja memberikan pendanaan yang signifikan untuk melindungi anak-anak dari eksploitasi seks, perdagangan orang, perdagangan dan produksi narkotik, kerja di pertambangan dan kerja di perikanan lepas pantai dan di pabrik sepatu. Amerika Serikat membantu Pusat Krisis Rakyat di Aceh untuk menyelamatkan anak-anak yang menjadi korban konflik, khususnya mereka dengan trauma fisik atau mental. Pendanaan Amerika Serikat menyediakan "rumah aman", dimana anak-anak dapat menerima penyuluhan dan pendidikan. Puluhan ribu orang Indonesia menjadi korban perdagangan orang. 

Bantuan tambahan kepada 48 LSM dan kelompok masyarakat menghasilkan aksi anti-perdagangan orang setempat yang memusatkan pada pencegahan, rehabilitasi dan advokasi. Pendanaan Amerika Serikat membantu pembuatan tempat bernaung yang baru bagi para korban. Amerika Serikat melatih ratusan petugas polisi dan beberapa jaksa, yang menghasilkan lebih banyak penangkapan dan penuntutan serta putusan penjara yang lebih lama bagi beberapa pelaku perdagangan orang. LSM yang didanai Amerika Serikat seperti Solidarity Center dan Komisi Migrasi Katolik Internasional, membantu pemerintah dalam membuat prosedur operasi standar untuk menangani para korban, memberikan kontribusi kepada pengesahan undang-undang daerah di dua propinsi dan memberikan bantuan teknis yang menghasilkan dimasukkannya rencana undang-undang anti-perdagangan orang di DPR. LSM yang dibiayai Amerika Serikat dengan cepat menyelidiki desas-desus tentang adanya perdagangan para korban dari Aceh setelah terjadi tsunami bulan Desember.

***