Departemen Luar Negeri 

Departemen Luar Negeri adalah unsur terpenting pemerintah A.S. di dalam perwakilan A.S. Dinas Urusan Luar Negeri Amerika Serikat adalah pusat layanan diplomatik Amerika, yang bertanggung-jawab untuk memajukan kepentingan A.S. dan memajukan hubungan internasional melalui pertukaran perwakilan. Dinas Urusan Luar Negeri membantu Presiden dan Menteri Luar Negeri untuk merencanakan, menyusun dan mencapai tujuan sasaran dan kepentingan kebijakan luar negeri Amerika. Termasuk di dalamnya fungsi perwakilan, administrasi perwakilan luar negeri A.S.; pelayanan kepada warga Amerika di luar negeri; diplomasi hubungan masyarakat; dan pelaporan, komunikasi dan negosiasi urusan politik, ekonomi, konsuler, administrasi, kebudayaan dan perdagangan.

Bagian Konsuler 

Bagian konsuler di Kedutaan Besar bertanggung-jawab atas dua jenis kegiatan yang luas cakupannya: Layanan visa kepada orang Indonesia dan warganegara dunia ketiga, dan layanan kepada warganegara Amerika. Layanan visa terdiri dari pemrosesan permohonan visa nonimigran dan imigran. Pemohon visa non imigran meliputi pengunjung untuk bisnis dan rekreasi, pelajar yang merencanakan studi di Amerika Serikat, dan lainnya yang tujuannya mengunjungi Amerika Serikat untuk sementara waktu dan yang berniat kembali ke Indonesia setelah tujuan kunjungan mereka selesai.

Pemohon visa imigran termasuk mereka yang merencanakan untuk menjadi penduduk tetap Amerika Serikat. Keduanya, baik pemohon visa nonimigran maupun imigran harus memenuhi persyaratan-persyaratan hukum imigrasi dan peraturan-peraturan Amerika Serikat supaya visanya dapat diproses dan dikeluarkan.

Layanan untuk Warga Amerika Serikat Layanan untuk warganegara Amerika meliputi penerbitan paspor Amerika Serikat, pembuatan laporan kelahiran dan kematian warganegara Amerika Serikat di luar negeri dan layanan-layanan notaris. Layanan-layanan lainnya untuk warganegara Amerika Serikat mencakup bantuan untuk mereka yang mencari perawatan medis, mereka yang terlantar, dan kunjungan kepada mereka yang ditahan atau dipenjarakan oleh pejabat setempat.

United States Agency for International Development (USAID) 

USAID berlokasi di bangunan terpisah di dalam kompleks kedutaan. Direktur dan wakilnya mengepalai kantor di Jakarta. Kegiatan USAID saat ini difokuskan pada pertumbuhan ekonomi berkelanjutan yang luas cakupannya, melalui program-program bersama di bidang kebijakan ekonomi, kesehatan, keluarga berencana, lingkungan dan dukungan untuk pengukuhan demokrasi. Bantuan USAID termasuk memberikan masukan-masukan teknis kepada Pemerintah Indonesia melalui sejumlah departemen-departemen, bersamaan dengan pemberian dana untuk program-program dan penelitian. Bantuan keuangan juga diberikan kepada perusahaan-perusahaan swasta yang bergerak di bidang yang sesuai dengan tujuan strategis yang telah disetujui bersama. Bantuan USAID semakin lama semakin mengarah pada memperkuat kebijakan dan kelembagaan, sehingga Indonesia dalam upaya menyesuaikan diri dengan perkembangan kekuatan ekonominya sendiri secara bertahap tidak memerlukan lagi bantuan negara-negara donor.

Bagian Penerangan dan Kebudayaan 

Bagian Penerangan dan Kebudayaan (dulu bernama USIS) mempunyai kantor utama dalam komplek Kedutaan Besar di samping gedung utama. Bagian Informasi dan Kebudayaan Amerika mengelola program-program informasi dan budaya tentang Amerika Serikat untuk warga Indonesia. Termasuk di dalamnya pertukaran pendidikan, mendatangkan pembicara dan mengadakan seminar-seminar, program interaktif Worldnet, konferensi pers, program penerjemahan buku dan penyebaran brosur dan booklet mengenai Amerika Serikat. Bagian informasi USIS menerbitkan semua press release Kedutaan Besar, sedangkan Atase Pers bertugas sebagai jurubicara resmi Kedutaan. Bagian Informasi dan Kebudayaan juga mengelola Pusat Informasi Kedubes AS (yang dulu bernama Zorinsky Library).

Departemen Perdagangan A.S.

Departemen Perdagangan A.S. (U.S. Department of Commerce) yang dikenal sebagai Foreign Commercial Service (FCS) juga mempunyai perwakilan di Indonesia. Misi FCS adalah meningkatkan ekspor barang dan jasa dari A.S. dan untuk mendukung kepentingan bisnis A.S. di luar negeri. Staf FCS membantu perusahaan-perusahaan berorientasi ekspor untuk memanfaatkan kesempatan dagang dengan memberikan konsultasi dan saran secara individual, memberikan informasi tentang pasar luar negeri, layanan-layanan kontak, bantuan advokasi, dan kegiatan-kegiatan promosi lainnya. Departemen Perdagangan mengelola Pusat Perdagangan A.S. di kawasan utama bisnis di Jakarta.

Foreign Agricultural Service (FAS) 

Foreign Agricultural Service memantau perkembangan pertanian di Indonesia. Badan ini berkantor di komplek Kedubes AS. Kantor ini bertujuan mengembangkan dan memperluas pasar bagi produk-produk pertanian A.S. dan melaporkan kondisi pertanian di Indonesia kepada Departemen Pertanian A.S.

Library of Congress (LOC) 

Kantor perwakilan Library of Congress (LOC) Jakarta terletak di Jalan H.O.S. Cokroaminoto No. 65, mempunyai tanggung-jawab untuk kawasan Indonesia, Malaysia, Singapura, Brunei, Thailand, Vietnam dan Filipina. Tugas utama Kantor perwakilan LOC adalah memperoleh terbitan-terbitan Indonesia dan Asia Tenggara untuk Library of Congress di Amerika dan perpustakaan riset di Amerika. Kantor perwakilan LOC mengumpulkan buku-buku yang ditulis dalam bahasa Inggris dan bahasa-bahasa Asia Tenggara untuk dikirim ke Library of Congress, enam perpustakaan riset dan empat belas perpustakaan universitas di Amerika. Pelaksanaan tugas LOC dipimpin oleh seorang field director.

Atase Militer A.S.

Militer Amerika Serikat di Indonesia Militer Amerika Serikat di Indonesia diwakili oleh organisasi-organisasi berikut: Defense Attache Office/Kantor Atase Pertahanan (DAO), U.S. Office of the Military Attache for Defense Programs/Kantor Atase Militer A.S. untuk Program-program Pertahanan (OMADP), U.S. Naval Medical Research Unit#2 / Unit 2 Penelitian Medis Angkatan Laut A.S. (NAMRU-2), dan Air Post Office (APO).

Kantor Atase Pertahanan (Defense Attache Office)

 Kantor Atase Pertahanan dipimpin oleh Atase Pertahanan. Semua korps Angkatan Darat, Laut, Udara dan Marinir A.S. mempunyai perwakilan yang ditugaskan di Kantor Atase Pertahanan (DAO). Personel DAO memelihara kontak antar militer dengan rekan-rekan mereka di Indonesia. Personel DAO juga membantu Indonesia dalam memodernisasi pasukan bersenjatanya dengan cara mendapatkan peralatan militer A.S. dan dengan menyelenggarakan program-program pertukaran militer yang memungkinkan beberapa pejabat-pejabat militer Indonesia untuk belajar sementara di sekolah militer A.S.

Kantor Atase Militer A.S. untuk Program-program Pertahanan (The U.S. Office of the Military Attache for Defense Programs / OMADP) Kantor Atase Militer A.S. untuk Program-program Pertahanan (OMADP) memberikan masukan dan bantuan kepada Atase Pertahanan dan Kepala Misi Diplomatik A.S. mengenai masalah bantuan kemananan. OMADP bekerja dengan Pemerintah Indonesia dalam mengembangkan dan melaksanakan program-program dan rencana-rencana bantuan keamanan guna mendukung kebijakan-kebijakan A.S. dan Indonesia; memberikan petunjuk, dukungan dan bantuan kepada perusahaan-perusahaan pertahanan A.S., memasarkan sistem pertahanan, artikel-artikel dan pelatihan; dan mengembangkan kerjasama pertahanan dalam persenjataan di Indonesia sesuai dengan pengarahan Departemen Pertahanan, Komando Pasifik dan departemen militer Amerika Serikat.OMADP dipimpin oleh seorang Kolonel yang jabatannya adalah Atase Militer untuk Program-program Pertahanan.

Unit 2 Penelitian Medis Angkatan Laut (The Naval Medical Research Unit#2 / NAMRU-2) 

Unit 2 Penelitian Medis Angkatan Laut (NAMRU-2) mulai beroperasi di Indonesia tahun 1970. Badan yang didirikan untuk mempelajari penyakit-penyakit tropis ini berkantor di Departemen Kesehatan, Jalan Percetakan Negara 29, Jakarta. NAMRU-2 adalah bagian dari Angkatan Laut Amerika Serikat. Badan ini didirikan di Indonesia agar dapat bekerjasama dengan Departemen Kesehatan Indonesia untuk menangani masalah-masalah kesehatan demi kepentingan bersama sebagai bagian dari pengembangan kesehatan nasional Indonesia. Staf NAMRU-2 bekerjasama dengan Departemen Kesehatan Indonesia di bidang pengembangan sumber daya manusia, pembangunan kelembagaan, dan penelitian serta pengawasan penyakit-penyakit menular. Misi NAMRU-2 adalah untuk mengadakan penelitian, percobaan-percobaan dan evaluasi atas penyakit-penyakit menular demi memajukan kesehatan, keamanan dan kesiapan Pasukan Bersenjata A.S.agar dapat bekerja secara efektif di masa damai dan dalam menjalankan misi-misi darurat di seluruh Asia Tenggara. Pada saat ini, NAMRU-2 terlibat dalam berbagai proyek penelitian medis diseluruh Indonesia dan Asia Tenggara tentang penyakit malaria, kolera, tipus, demam berdarah, HIV/AIDS, tuberkulosa/TBC. NAMRU-2 bekerja secara dekat dengan pemerintah Indonesia dan pemerintah-pemerintah negara lain di wilayah ini. Jam kerja NAMRU-2 A.S. adalah dari pukul 06:30 WIB sampai 15:00 WIB.

Kantor Pos Udara (The Air Post Office / APO)